1 交互式

默认会安装到.libPaths()中，即R安装目录的library目录下如果该目录没有权限，则会询问是否安装到私有目录

$ R
> install.packages('ggplot2')
# 手动选择数字
# ...
## 或者手动指定仓库, 到src上一层
> install.packages('ggplot2', repos='https://mirrors.tongji.edu.cn/CRAN')

2 命令行

命令行的好处是可以批量执行

$ echo 'install.packages("ggplot2", repos="https://mirrors.tongji.edu.cn/CRAN")' | R --no-save

适合没有网的情况下需要自己手动解决依赖问题 可从https://cran.r-project.org/web/packages/available_packages_by_name.html下载想安装的包文件

# tar xf VennDiagram_1.6.20.tar.gz
cd VennDiagram
R CMD build .
# 生成*.gz文件
R CMD INSTALL *.gz

把下载好的二进制包和其依赖的包解压到.libPaths()路径下即可

install.packages('devtools')
library(devtools)
install_github("yyplot", "GuangchuangYu")

一些生物相关的R包，可通过BiocManager来安装

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
    install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("OmicCircos")

.packages(all.available=T)

requireNamespace('ggplot2')
# 包存在时返回TRUE，不存在返回FALSE
requireNamespace("ggplot2", quietly = TRUE)
# 默认quietly=FALSE，当包不存在时会打印报错信息，设为TRUE可关闭报错信息