1 commandArgs

类似于Python的sys.argv

# test1.R
commandArgs()

1.1 从stdin读取脚本并运行，通过—args传入参数

1.2 通过Rscript运行脚本，直接传入参数

1.3 设置trailingOnly=TRUE, 只保留参数本身

# test1.R
commandArgs(trailingOnly=TRUE)  # or commandArgs(T)

2 optparse包

类似Python的argparse模块

if (!requireNamespace('optparse', quietly = TRUE)) {
    install.packages('optparse')
}
option_list <- list(
  make_option(c('-i', '--infile'), dest='infile', default=NULL, help='The input file.'),
  make_option(c('-o', '--outfile'), dest='outfile', default=NULL, help='The output file.'),
  make_option(c('--height'), dest='height', type='integer', default=1000, help='The height of image[default=%default].'),
  make_option(c('--width'), dest='width', type='integer', default=1000, help='The width of image[default=%default].'),
  make_option(c('--main'), dest='main', default='', help='The main title of image[default="%default"].')
)
parser <- OptionParser(
  option_list=option_list,
  usage='Rscript $prog [options]',
  description='\tArguments parse test.',
  epilogue='\tcontact: suqingdong@novogene.com.')
args <- parse_args(parser)
infile <- args$infile
outfile <- args$outfile
height <- args$height
width <- args$width
main <- args$main

PS:

• dest: opt$destname, 默认为较长的opt_str
• metavar: 打印帮助信息时，显示的参数名， 默认为dest的值
• type either “logical”, “integer”, “double”, “complex”, or “character”
• %prog, %default可用于变量的引用

另一种使用方式, 更像Python的argparse使用方式

parser <- OptionParser(
  usage='Rscript $prog [options]',
  description='\tArguments parse test.',
  epilogue='\tcontact: suqingdong@novogene.com.'
)
parser <- add_option(parser, c('-i', '--infile'), action='store', default=NULL, help='The input file.')
parser <- add_option(parser, c('-o', '--outfile'), action='store', default='out.png', help='The input file[default %default].')
args <- parse_args(parser)
print(args$i)
print(args$o)

同时使用关键词参数和位置参数 positional_arguments = TRUE

if (!requireNamespace('optparse', quietly = TRUE)) {
    install.packages('optparse', repos='https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/')
}
library(optparse)
parser <- OptionParser(
  prog='test',
  usage='Rscript %prog [options]',
  description='\t\033[32m arguments parse test \033[0m',
  epilogue='contact: suqingdong@novogene.com.'
)
add_option(parser, c('-i', '--infile'), action='store', default=NULL, help='The input file.')
add_option(parser, c('-o', '--outfile'), action='store', default='out.png', help='The input file[default %default].')
opt <- parse_args(parser, positional_arguments = TRUE)
print(opt$i)
print(opt$o)
print(opt$args)

3 argparse包

suppressWarnings(library(argparse))
parser = ArgumentParser(description='convert rds to table')
parser$add_argument('-i', '--infile', help='the input rds file', required=T)
parser$add_argument('-o', '--outfile', help='the output table file', required=T)
args = parser$parse_args()