GEO的supplementary files如果是ftp可直接wget下载
    如果是http:
    https://www.yuque.com/rulan/xfuhca/1653788169323
    压缩文件处理
    https://www.yuque.com/rulan/xfuhca/1653788561935
    https://www.yuque.com/rulan/xfuhca/1653800760929
    压缩文件解压缩后删除的第四种方法提到的,涉及到xargs,如下:
    xargs实际上是让不能管道符传递变量的命令比如rm mv这些,也可以进行管道符传递,xargs -I files的files临时变量存储的就是管道符|前面的输出变量,再传递给mv rm等命令
    xargs用法
    https://www.yuque.com/rulan/xfuhca/1653789551181
    xargs用于批量文件移动见下面

    txt.gz read.table直接读取,不需解压
    series_matrix_files 下载后GEOquery::getGEO(file=””)
    .tar.gz tar -zxvf
    tar tar -xvf
    .gz gzip -d

    解压缩完毕后我们需要根据文件名字符串信息批量移动和整理文件:
    https://www.yuque.com/rulan/xfuhca/1653789626879
    注意正则表达式的运用:
    https://www.yuque.com/rulan/xfuhca/1653805531959
    对部分测序文件,在解压缩的时候发现会产生很多._前缀的的文件,删掉不影响,并且对于从matrix barcodes features构建Seurat对象,需要抽取一个文件夹检查里面有无隐藏文件,防止读取错误
    构建方法

    1. 从matrix barcodes features构建
    2. 从txt构建
    3. 从h5构建
    4. 从下载下来的RDS文件构建,对本次实战数据来说,RDS是一个dgcMatrix,从文件结构看是Read10X以后的文件,那么找到作者上传的metadata,核对行名和counts的列名是否一致以后,就可以在CreateSeuratObject函数里面加一个meta.data参数放入metadata即可

    在future::plan函数多线程运行时遇到报错:
    Error: Fatal error: cannot create ‘R_TempDir’
    退出rstudio server
    ssl登录服务器
    service rstudio-server stop

    1. cd ..
    2. cd /tmp
    3. ll
    4. # 看到很多Rtmp开头文件
    5. # 全部删掉
    6. service rstudio-server stop
    7. # 重新回到Rstudio server