1. # 查看.bashrc文件位置，注意，这是在conda小环境内的时候
    2.  find / -name .bashrc  
    3.  # 把二进制格式安装的文件放到.bashrc内
    4.   echo 'export PATH="/root/biosoft/hisat2-2.2.1/:$PATH"' >> /root/.bashrc  
    5.  # 重启
    6.  source /root/.bashrc
    7.  # 重新激活conda 小环境
    8.  conda activate rna
    9.  # 软件下载
    10.  wget -c {url/http}
    11.  # 安装压缩包
    12.  bash 
    13.  # 重新激活环境
    14.  source ~/.bashrc
    15.  # 验证是否安装成功
    16.  conda --help
    17.  # 配置镜像
    18. conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
    19. conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
    20. conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
    21. conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
    22. conda config --set show_channel_urls yes
    23. # 创建conda小环境
    24. conda activate -y -n rna python=3
    25. # 激活刚刚的conda小环境
    26. conda activate rna
    27. # 更新conda软件
    28. conda update -n base -c defaults conda
    29. # conda下载安装一系列软件
    30. conda install -y sra-tools fastqc trim-galore hisat2 subread multiqc samtools salmon fastp
    31. # echo 打印string; 打印变量值，变量调用需要加$
    32. echo $PATH
    33. echo $PATH | tr ':' '\n'
    34. # 查看系统环境
    35. lscpu
    36. free -h
    37. df -h
    38. du -h -d 1
    39. top
    40. ps -ef
    42. # 安装aspera，一个用来下载rna原始数据的程序
    43. su biosymmeng
    44. # 将root用户切换为普通用户biosymmeng,标志是@前面的root切换为biosymmeng
    45. # 待补充，普通用户的创建
    46. wget https://download.asperasoft.com/download/sw/connect/3.6.2/aspera-connect-3.6.2.117442-linux-64.tar.gz
    47. # 下载
    48. tar zvxf aspera-connect-3.6.2.117442-linux-64.tar.gz
    49. # 解压
    50. bash  aspera-connect-3.6.2.117442-linux-64.sh
    51. # 安装，安装后如果提示firewall之类的警告信息，不用管
    52. exit
    53. # 回到root
    54. find / -name .aspera
    55. # 找到.aspera所在位置，并且复制
    56.  echo 'export PATH=/root/.aspera/connect/bin:$PATH' >> ~/.bashrc
    57.  # 添加到环境变量PATH，如果这一步失败，先用find / -name去找到.bashrc位置，替换到>>后面
    58.  source ~/.bashrc
    59.  # 重启
    60.  ascp -h
    61.  # 检查是否安装成功