安装conda

  1. # 首先下载文件，20M/S的话需要几秒钟即可
  2. wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
  3. # 接下来使用bash命令来运行我们下载的文件，记得是一路yes下去
  4. bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh 
  5. #  安装成功后需要更新系统环境变量文件
  6. source ~/.bashrc

安装好conda后配置镜像(生信技能树的服务器一定要选择北外的镜像源！清华镜像源会导致莫名的问题，甚至后期换源也不能弥补回来)：

  1. conda config --add channels r 
  2. conda config --add channels conda-forge 
  3. conda config --add channels bioconda
  4. conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
  5. conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
  6. conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
  7. conda config --add channels https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/

创建小环境：

  1. conda create -y -n rna python=3
  3. (download) mkliu@bio2-2288H-V5:~$ conda activate rna
  4. (rna) mkliu@bio2-2288H-V5:~$ conda info -e
  5. # conda environments:
  6. #
  7. base                     /home/mkliu/miniconda3
  8. download                 /home/mkliu/miniconda3/envs/download
  9. rna                   *  /home/mkliu/miniconda3/envs/rna

在conda环境下安装软件：

  1. conda install -y fastqc trim-galore hisat2 subread multiqc samtools salmon
  1. 更新软件：conda update
  2. 软件名卸载软件：conda remove
  3. 软件名删除小环境：conda env remove -n环境名
  4. 查找软件：conda search 软件名 https://bioconda.github.io/

修改命令行配色

  1. echo 'export PS1="\[\033]2;\h:\u \w\007\033[33;1m\]\u \033[35;1m\t\033[0m \[\033[36;1m\]\w\[\033[0m\]\n\[\e[32;1m\]$ \[\e[0m\]"'>>~/.bashrc

查看环境变量

  1. echo $PATH | tr ':' '\n'

卸载conda：

  1. rm -r miniconda3
  2. rm -r .conda*
  3. vim .bashrc
  4. 将bashrc当中conda相关内容删除或注释掉

无法用conda安装hisat2

通过google定位关键词 conda+hisat2，找到安装方法：

  1. conda install -c bioconda hisat2

以下字段添加到.bashrc用来快速进入rna小环境和退出

  1. if [ -x /usr/bin/dircolors ]; then
  2.     test -r ~/.dircolors && eval "$(dircolors -b ~/.dircolors)" || eval "$(dircolors -b)"
  3.     alias ls='ls --color=auto'
  4.     #alias dir='dir --color=auto'
  5.     #alias vdir='vdir --color=auto'
  7.     alias grep='grep --color=auto'
  8.     alias fgrep='fgrep --color=auto'
  9.     alias egrep='egrep --color=auto'
  10.     alias condaup='. /home/xbzhao/miniconda3/bin/activate'
  11.     alias condadn='conda deactivate'
  12.     alias condarna='conda activate rna'
  13. fi