RDKit | 基于RDKit的氨基酸序列转换为SMILES

一个氨基酸序列代表的化合物转换为MOL对象，并计算出该分子的描述符，用于机器学习。
导入库

from rdkit import Chem
from rdkit.Chem import Draw
from rdkit.Chem.Draw import IPythonConsole
IPythonConsole.ipython_useSVG = True

载入数据

peptide_smiles = Chem.MolToSmiles(Chem.MolFromFASTA("RGDfK"))
print(peptide_smiles)

N=C(N)NCCC[C@H](N)C(=O)NCC(=O)N[C@@H](CC(=O)O)C(=O)N[C@@H](Cc1ccccc1)C(=O)N[C@@H](CCCCN)C(=O)O

绘制多肽

peptide_mol = Chem.MolFromSmiles(peptide_smiles)
peptide_mol

绘制带原子索引的多肽

def mol_with_atom_index( mol ):
    atoms = mol.GetNumAtoms()
    for idx in range( atoms ):
        mol.GetAtomWithIdx( idx ).SetProp( 'molAtomMapNumber', str( mol.GetAtomWithIdx( idx ).GetIdx() ) )
    return mol

#With index
mol_with_atom_index(peptide_mol)