我是微信公众号【生物信息云】的运营者,也是一名在校生,我写公众号的最初的目的就是督促自己学习,分享一些教程,和专门搞生信的大佬们比起来,自己也就是菜鸟一枚,公众号更新也比较佛系,也不做推广,你能自行关注到,完全靠缘分。我可以教大家一些生信基础的生信分析技能,以满足大家在科研工作中的生信需求。说实话,大家需要给你自己以定位,自己做纯生信的还是只是借助生信为大家在湿实验中提供思路,或者文章中添加一些生信内容。如果你是做纯生信,那也是分档次和研究方向的,如果只是分析别人的数据,比如预后模型这种,属于比较低端的水平。有的做开发,比如开发一个R包或者一些其他生信分析工具,又或者是建数据库,这些属于开发类,这个也和研究领域有很大关系,植物的,人的,微生物的,是有区别的。我自己主要是做药,癌症,所以我会的技能主要和自己研究方向相关的,我也不是什么都掌握,因为我觉得,具备基础知识后,自己用到什么就能快速的现学现卖,而不是一下子学会很多东西等着以后用,我个人认为这是效率极其低下的。毕竟搞科研,重要还是想法!
我准备建立一个学习群,用于指导大家学习,
主要内容如下(不包括全部):
- R语言教程(语法,统计分析,绘图)
- TCGA数据库的数据下载,整理
- TCGA数据库整合GTEx数据库
- TCGAbiolinks包介绍
- 芯片数据库GEO数据库介绍
- ArrayExpress 数据库使用教程
- 芯片数据分析
- 生信中的各种ID转换
- 基因组注释文件gtf格式的介绍
- edgeR包差异表达分析
- DESeq2包差异表达分析
- limma包差异表达分析
- 两个基因间的相关性分析
- 一个基因与多个基因之间的相关性分析
- 多个基因之间的相关性分析
- 基因表达水平与甲基化水平之间的相关性
- clusterProfiler包—GO/KEGG富集分析
- clusterProfiler包—GSEA分析
- WGCNA分析
- estimate包—免疫微环境评分
- TIMER——免疫细胞浸润
- CIBERSORT——免疫细胞浸润
- 单样本GESA(ssGSEA)分析——免疫细胞浸润注释-ssGSEA
- 基于R语言利用NMF(非负矩阵分解)替代层次聚类进行肿瘤分型
- 预后模型的建立
- 表型(比如基因表达水平,肿瘤分型)与临床形状之间的相关性
- …………………………………..
入群要求:
- 仅限在校学生(需要发学生证信息页照片或者学信网信息截图),为什么只要在校生?因为我只想指导在校学生,其他不想说的太清楚。
- 真心想学习的【意志力薄弱的就不要加入了,因为我不会督促你】
- 600元的入群费【为什么收费?
- 1)花钱总是会督促自己学习;
- 2)整理资料不容易;
- 3)避免无关紧要的人加入【不一定能避免】;至于价格高低,自己去了解市场价格)
适用人群:
因为研究领域的差异,我也不是什么都知道,都懂,学习内容比较适合癌症方向的学生
另外,如果你是着急靠学习后发文章,估计你是来不及的,特别是研三的同学(博士不至于),研三的同学如果没有读博的打算,也没有必要。
入群说明:
公众号有付费文章的,自己付费获取,我主要指导学习思路(有一个指导文件),几乎所有教程都是基于R语言的,所以需要R语言基础。我公众号有R语言教程,B站也有很多免费的,你可以自行选择学习。按照指导文件的顺序学习,有问题就在群里咨询,我看见就会回复【虽然我很忙】,回复只是指导,具体问题还是你去解决,因为有的人会叫我给他写代码(这是一个不可能事件)。
学习时间,没有限制,但不同时间段入群的人所在的群就不一样。我希望大家静下心来,花费时间去学习,3~4个月的时间应该够了,当然这和自己的基础有关系,有的人可能基础比较好,时间会更少。自学能力强的人,其实也不用入群。
如果你是做实验的,有些东西,我知道也可以指导,因为我自己也做湿实验,但实验技能这个东西太多了,也不一定知道哦。
如果感兴趣的可以添加好友,记得添加好友时发送申请信息:学校-专业-姓名-硕士/博士/本科生。
非诚勿扰