一.科研工具

生物医学领域科研工作者的软件和工具清单-3.0版本
科研大牛都是这样使用PubMed的，你确定你会用吗？
Word天，这样操作可以让Sci-hub如影随形！
科研软件和在线工具使用教程：Endnote详细使用教程
科研软件和在线工具使用教程：GraphPad Prism 7 作图教程
一个论文写作语法更正的小工具grammarly，分享给大家

二.生物基础知识

忽略

三.R语言学习

1.语法篇
第01章：R语言简介
第02章：R语言安装和下载
第02章：RStudio的使用教程
第03章：R中的数据
（1）：从存储角度划分
（2）：从结构角度划分(向量）
（3）：从结构角度划分(矩阵）
（4）：从结构角度划分(数组）
（5）：从结构角度划分(数据框）
（6）：从结构角度划分(列表）
（7）：从结构角度划分(因子）
（8）：数据之间的转换
第04章：字符串操作与正则表达式
第05章：判断语句
第06章：循环语句
第07章：操作系统文件
第08章：数据的输入与输出
第09章：数据的预处理与重构(1)
数据的预处理与重构(2)
数据的预处理与重构(3)
第10章：函数
第11章：R中的网络爬虫
第12章：面向对象编程(S3类与S4类）
2.绘图篇
R绘图笔记 | 一般的散点图绘制
R绘图笔记 | 柱状图绘制R绘图笔记 | 直方图和核密度估计图的绘制
R绘图笔记 | 二维散点图与统计直方图组合
R绘图笔记 | 散点分布图与柱形分布图
R绘图笔记 | 箱形图的绘制
R绘图笔记 | 多数据系列的箱型图与带抖动散点的多数据系列箱型图
R绘图笔记 | 热图绘制
R绘图笔记 | 生存曲线的绘制
R绘图笔记 | 小提琴图与漂亮的云雨图绘制
R绘图笔记 | 火山图的绘制
R语言wordcloud2包绘制词云图
GO-BP,GO-MF，GO-CC富集结果的共同可视化
R语言数据可视化【视频】——解读ggplot2绘图思想视频教程
3.数据分析篇
R语言数据分析【视频】| (01) 常见的统计函数
R语言数据分析【视频】| (02) R中的统计检验
R语言数据分析【视频】| (03) 回归分析
R语言数据分析【视频】| (04) 生存分析与Cox回归模型
R语言数据分析【视频】| (05) 相关性分析
R语言数据分析【视频】| (06) 主成分分析
R语言数据分析【视频】| (07) 因子分析
R语言数据分析【视频】| (08) 线性规划
R语言数据分析【视频】| (09) 判别分析
R语言数据分析【视频】| (10) 聚类分析
4.问题解决与技能篇
[R包安装时安装程序包**时退出的状态不是0，或者版本不适的一种解决方法。](http://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzA4NDAzODkzMA==&mid=2651275325&idx=1&sn=b46a6eeeb46273b68bcf29ab382f37a7&chksm=841ea440b3692d5609777a5496b455400cfe6583021df0d5e20368ddf7b711e482976d048d63&scene=21#wechat_redirect)
同时安装不同版本的R包怎么办？看了这篇轻松解决

更多R语言学习，阅读文章：R语言基础入门视频教程

四.生信基础知识

生物信息学入门必须了解的名词
illumina、Sanger、第三代和第四代测序技术原理
单细胞测序技术原理
RNA-seq 数据分析最佳流程
生信中常见的数据文件格式
常用生物信息 ID的介绍
生信中各种ID转换
RNA-seq的counts,RPM, RPKM, FPK值到底有什么区别？
RNA-Seq的Counts和FPKM数据如何转换成TPM？
miRNA注释包:miRBaseVersions.db
biomaRt包实现不同物种之间同源基因转换
超详细的DESeq2和edgeR包的基本原理和实战案例

五.生信相关数据库

【收藏】生物信息学相关网站
【收藏】生物数据库大合集
【收藏】23个circRNA数据库网址
基础科研不得不了解的实用数据库！
蛋白质互作数据库汇总
生物数据库那么多，你知道几个？这个工具可以让你找到想要的数据库

六.生信在线分析工具

eFORGE v2.0：一个表观遗传研究的在线分析工具
生物信息学数据库使用教程：cBioPortal数据库使用教程
这个网站提供了多种数据分析工具——增强子，非编码RNA转录信息等
肿瘤，药物，突变领域研究者的福音——HotSpot3D:一个用于蛋白质3D结构突变分析的工具
不用编程，这个工具除了帮你绘制漂亮的图还提供Python和R代码以及统计分析
FunRich数据库：一个主要用于基因和蛋白质的功能富集以及相互作用网络分析的独立的软件工具
不会编程的同学看过来：新的GEO数据在线分析工具——BART
alona：一个用于单细胞RNA-seq分析的web工具
UCSC数据库下载TCGA数据需要注意的细节
48个实用的生信在线工具强烈推荐，不看是你的损失！
癌症研究不知道做什么？来关注这个数据库，或许可以给你一些思路
TCGA数据分析工具GEPIA最新更新，可用于免疫细胞浸润分析
教你如何预测参与调节差异基因的转录因子
生信工具 | TIGA: Target Illumination GWAS Analytics
CaNDis |一个用于探索疾病、药物和药物靶标之间因果关系的在线工具
PanGPCR | 预测多个潜在的GPCR靶标及其在组织中的表达位置，副作用以及GPCR药物的可能用途

七.TCGA数据挖掘专题

R语言TCGA-Assembler包下载TCGA数据
TCGA数据挖掘（一）：TCGAbiolinks包介绍
TCGA数据库：GDCRNATools包下载数据、处理数据以及差异分析
TCGA数据库：SNP数据的下载整理及其可视化
TCGA数据库：临床数据下载与整理
TCGA数据库：RNA-Seq数据的下载与处理
TCGA数据库：ATAC-Seq数据的下载整理及其可视化
TCGA数据库：miRNA数据下载与整理
TCGA数据库：miRNA数据下载与整理(2)
一文解决TCGA数据库临床数据下载与整理
TCGAbiolinks包下载TCGA数据进行表达差异分析-乳腺癌案例
一文就会TCGA数据库基因表达差异分析
TCGA数据库：生存分析
TCGA转录组和临床信息联合分析，结果发现……
TCGA数据分析工具GEPIA最新更新，可用于免疫细胞浸润分析
肿瘤免疫细胞浸润与临床相关性分析
一个R脚本解决某类功能基因(比如m6A甲基化)临床预后模型分析流程
基因表达谱热图绘制
GraphPad Prism绘制生存曲线和R语言批量绘制生存曲线

八.基因芯片与GEO数据库专题

基因芯片数据挖掘分析表达差异基因
GEO数据库使用教程及在线数据分析工具
GEO数据库使用教程及在线数据分析工具
基因芯片数据分析（一）：芯片数据初探
基因芯片数据分析（二）：读取芯片数据
基因芯片数据分析（三）：数据质控
基因芯片数据分析（四）：获取差异表达基因
Bioconductor：GEOquery包
GEO数据库表达数据的提取以及limma包进行差异分析

九.基础生信分析

clusterProfiler包进行KEGG,GO,GSEA富集分析
为什么选择GSEA分析？和KEGG和GO分析有什么区别？
NMF(非负矩阵分解)的算法原理
基于R语言利用NMF(非负矩阵分解)替代层次聚类进行肿瘤分型
R语言CMplot包绘制曼哈顿图
R语言Circlize包绘制和弦图

十.Linux笔记

Linux笔记【001】| 初识Linux
Linux笔记【002】| 远程登录服务器软件：MobXterm与FileZilla
Linux笔记【003】| Linux系统目录结构与基本命令
Linux笔记【004】| 文件/文件夹的基本操作命令
Linux笔记【005】| vim编辑器使用教程
Linux系统下Anaconda的安装和使用教程
腾讯CentOS云服务器挂载云硬盘与硬盘分区
CentOS 7系统服务器搭建R和Rstudio运行环境

十一.转录组

转录组分析 | fastqc进行质控与结果解读
转录组分析 | 使用trim-galore去除低质量的reads和adaptor
转录组分析 | 使用Hisat2进行序列比对
转录组分析 | 使用SAMtools将SAM文件转换为BAM文件、排序、建立索引
转录组分析 | 使用RSeQC软件对生成的BAM文件进行质控
转录组分析 | 使用Stringtie对数据进行下游处理

十二.文献阅读

医学生信文献第0期:零代码发了一篇5分纯生信的文章，值得借鉴学习
医学生信文献第1期：ER阳性乳腺癌患者中LLGL2通过促进亮氨酸摄取来缓解营养压力
医学生物信息学文献第2期：肿瘤微环境
医学生物信息学文献第3期（综述）：PD-L1调节在癌症免疫治疗中的生化作用
医学生物信息学文献第4期：挖掘TCGA数据库中对胶质母细胞瘤微环境预后有价值的基因
医学生物信息学文献第5期：非小细胞肺癌靶向治疗应答的早期无创检测
医学生物信息学文献第6期：CXCR3趋化因子系统在肿瘤内的活性是抗PD-1治 疗有效性的必要条件
医学生物信息学文献第7期-与侵袭性甲状腺癌进展相关的基因组和转录组特征综合分析
医学生物信息学文献第8期：RAS P21蛋白激活因子3通过抑制Th2细胞偏向性程序特异性促进致病性Th17细胞的生成
医学生物信息学文献第9期：mTOR信号和细胞代谢是癌症的共同决定因素
医学生信文献第10期：一篇肿瘤领域入门必读综述——新一代癌症标志物
Nature子刊|复旦大学肿瘤医院雷群英团队发现支链氨基酸分解代谢在胰腺导管癌发生发展中的新机制
Cell：机器学习将如何改变生物医学
Nature|癌症基因组学如何改变诊断和治疗
靶向细胞代谢治疗癌症的前景和风险
RNA-seq 数据分析最佳流程
基因编辑新技术——忘记单个基因：CRISPR现在能切割和拼接整个染色体
Cell重磅：38种癌症类型、2658个癌症样本，全面解析肿瘤内异质性，为攻克癌症铺平道路
生信文献 | Sirt6通过介导PI3K/Akt信号通路促进弥漫性大B细胞淋巴瘤的肿瘤发生和耐药性
生信文献 | 胰腺导管腺癌的免疫细胞浸润及其临床意义
生信文献 | 一种新的自噬相关lncRNA乳腺癌预后风险模型
生信文献 | KLF7:高级别浆液性卵巢癌新的候选生物标志物和治疗靶点
生信文献 | TIMER2.0用于分析肿瘤免疫细胞浸润
生信文献 | ANXA8在胃癌中的预后价值
生信文献 | 在基底细胞样乳腺癌中，ANXA4通过与ANXA1相互作用激活JAK-STAT3信号通路
生信文献 | HOXC11作为一种新的致癌基因在人结肠癌和肾透明细胞癌中发挥作用
十三. 分子对接

分子对接教程 | (1) 软件安装准备
分子对接教程 | (2) 选择合适的蛋白受体
分子对接教程 | (3) 配体分子文件格式转换
分子对接教程 | (4) 蛋白受体文件的预处理
分子对接教程 | (5) 配体小分子的预处理
分子对接教程 | (6) AutoDock对接操作与对接结果解读
分子对接教程 | (7) AutoDock对接中易错问题
分子对接教程 | (8) PyMOL可视化对接结果
分子对接教程 | (9) VMD可视化对接结果

十四.湿实验

研究Protein，这些技术不得不看
一文解决Western Blotting实验所有问题
基因克隆有这篇文章就够了
TRlzol法提取组织或细胞RNA
免疫组化实验
反转录PCR
基因过表达——融合基因过表达
史上最全生物学实验技术大全免费下载

诚意满满的WGCNA分析，不进来看看吗？
简单点，让circRNA-miRNA预测简单点~
Harmonizonme和hTFtarget数据库：获取转录因子的候选靶基因
手把手教你甲基化生信分析—甲基化minfi包的使用（一）
手把手教你甲基化生信分析—甲基化minfi包的使用（二）
lnRNA生信一站式分析神器！差异表达，临床分析，ceRNA网络都有了，还要啥自行车！
biomaRt包实现不同物种之间同源基因转换
PanGPCR | 预测多个潜在的GPCR靶标及其在组织中的表达位置，副作用以及GPCR药物的可能用途
生信技能文章汇总。