Beagle的问题

一.Windows上的Beagle读取问题

前言：在使用Beast分析数据时，有些版本强制使用BEAGLE，或者有些分析需要用到BEAGLE（比如定义了traits）。
笔者最近遇到一件很…奇葩的事，由于之前一直用的是Beast1.8，且建不带traits的MCC树分析时是不需要用到BEAGLE的，所以在“是否使用BEAGLE”这一栏一直没有打勾。
但是，在进行BSSVS分析时，由于定义了几个地区的traits，故需要用到BEAGLE。在windows上安装了好几个版本的BEAGLE，环境变量什么的也都设置了，可是Beast1.8在跑数据时怎么都读取不了BEAGLE，报错如下：

ailed to load BEAGLE library: no hmsbeagle32 in java.library.path BEAGLE not installed/found

明明设置了环境变量啊......<br />    但是，在同样的设置和操作下，Beast1.10却可以完美读取BEAGLE。<br />    问题到底出在哪里？<br />    笔者一时不知道该把这个锅甩给谁.....<br />   **测试记录如下（Windows）：**

故对于Windows系统上的beast1.x系列,如果分析的数据需要定义traits，推荐使用beast1.10.4版本。

二.Ubuntu16.04上安装beagle

前言：使用beast，当开启traits时，如将地理信息作为traits，后续beast运行数据程序要求开启beagle，但是在linux上安装beagle以及能让beagle正常使用，是一件很让人头痛的事。当然，官网是给出了在Linux上安装beagle的教程，但是在实际操作时总会遇到这样或者那样的报错，笔者将自己在Ubuntu16.04上成功安装beagle的经历记录在这里，以供碰到同样问题的人参考。
官网教程链接：https://github.com/beagle-dev/beagle-lib/wiki/LinuxInstallInstructions
注：**官网教程仅供参考，笔者安装beagle与官网教程有些许出入。**
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1.安装前准备

（1）检查编译beagle需要的工具是否安装
由于官网提供的beagle这个包是采取源码编译进行安装，安装过程中需要一些依赖的工具。当然，其中的一些或许我们的Linux上早有安装，现在看看beagle需要哪些依赖的工具：

上面这些工具包是必须的，也就是在安装beagle前，先要检查自己的Linux上有没有安装这些工具包，命令如下：

$ dpkg --get-selections | grep 包名

比如笔者查看是自己的Ubuntu上否安装有gcc和make工具：

如果没有安装某个包，ubuntu上则可以使用下面命令进行安装：

$ sudo apt-get install 包名

（2）一些环境包
官网建议，安装下面这些：

但是，凡是都有但是。这也是需要特别注意的地方，官网教程上的意思是，在安装beagle前，要安装OpenCL、NVIDIA显卡驱动这些东西。因为ubuntu 16.04默认安装的是第三方开源的驱动程序nouveau，于是笔者开始去网上找教程安装NVIDIA显卡驱动，然而在Linux上安装NVIDIA显卡驱动非常麻烦，可能安装不成功，要么安装成功了会遇到驱动冲突，循环登录等一系列问题，这些笔者都亲身体验，以安装失败告终（大家可以百度查查，或者亲身体验下）。
而且，笔者还发现自己的服务器上安装的是集成显卡，于是问题又多了一大堆。
可是官网说安装beagle需要安装这些啊？
最后，**笔者被逼无赖，选择不安装OpenCL和NVIDIA显卡驱动，只安装java**（也就是上图的java JDK，实际上笔者的ubuntu上早有安装java）
为了确保自己的ubuntu上确实安装有java，笔者进行了查询：

以上表明java及javac已经成功安装（javac不需要单独安装，安装java JDK就会同时产生）

2.安装beagle

有了上面的基础，笔者现在假设ubuntu上已经把gcc、make、autoconf、automake、libtool、subversion、pkg-config以及java安装了，而OpenCL和NVIDIA显卡驱动则不进行安装，不用管。
（1）安装beagle命令如下：

$ cd
$ git clone --depth=1 https://github.com/beagle-dev/beagle-lib.git
$ cd beagle-lib
$ ./autogen.sh
$ ./configure --prefix=$HOME
$ make install
$ cd

注意,命令cd，是切换到该账户的家目录下。上面的代码，会将beagle安装在该账户下的lib文件夹里，可以通过ls命令查看。

（2）需要注意的是：
①笔者之前由于java出了点问题，在./configure --prefix=$HOME这一步老是报错提示找不到javac（即使用 which javac命令找不到javac，但是可以找到java），后来重新安装了一次java，javac就可以正常工作，./configure --prefix=$HOME这一步编译也就可以正常进行了。
②由于没有安装OpenCL和NVIDIA显卡驱动，执行make install这一步后，会有诸如没有OpenCL和NVIDIA显卡驱动的警告提示（只是警告，并非bug），但是我们不用管它。

3.设置环境变量

（1）紧接上面的安装beagle命令

# 第一步，打开设置环境变量的文件.bashrc
$ sudo vi .bashrc
#按i进入编辑模式，通过键盘下标键，将光标移动到文尾，将以下内容粘贴到文尾进去后，再按键盘“Esc”键，之后输入字符：wq!保存并退出文本bashrc。
#以下是粘贴到文件bashrc文本文尾的内容
export LD_LIBRARY_PATH=$HOME/lib:$LD_LIBRARY_PATH
export PKG_CONFIG_PATH=$HOME/lib/pkgconfig:$PKG_CONFIG_PATH
export PATH=$PATH:/home/gong/桌面/bioinfo/BEASTv1.10.4/BEASTv1.10.4/bin
export CLASSPATH=.:/home/gong/桌面/bioinfo/BEASTv1.10.4/BEASTv1.10.4/lib

如下：

上面操作的本质，是将本次安装的beagle所在的目录路径（示例是账户下lib文件夹），以及BEAST软件包所在目录路径添加到环境变量(笔者ubuntu上已有BEASTv1.10.4)。
注意：具体BEAST软件包的bin和lib文件夹所在的路径请填上自己的，上面的路径是笔者的。

（2）更新.bashrc

$ source .bashrc

没有报错提示，表明更新成功，如果有报错，请检查上一步往文件bashrc里粘贴东西时，是否粘贴不全等等。

4.检查beagle是否安装成功

示例：先进入BEASTv1.10.4软件包的bin目录，再在命令端输入：

$ ./beast -beagle_info

beagle安装成功，则会显示如下红色方框里的信息：

Linux上安装beagle血泪史介绍到这里，之后可以在服务器上图形版beast里大胆地勾选beagle，或者在命令行里开启beagle，结合beagle来跑数据了。

FAQ：为什么不介绍Windows上的Beagle的安装？
A：呃，这个，Windows安装Beagle这个软件和安装其他软件没什么区别，一路点击鼠标就行。

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