使用DESeq2 R包计算两组样品间的差异表达piRNA。默认以倍数变化(fold change)>=2.0, p-value<= 0.05作为差异筛选阈值(具体参数查看差异表格header说明)。

    piRNAid sequence Fold change p-value regulation
    hsa_piR_000549 CCCA…UGG 4.54 0.00015 Up

    表6.差异表达piRNAs

    各列说明:
    piRNA:piRNA名字
    piRNA sequence:piRNA序列
    *mean:各组的标准化均值
    Fold change:两组间的倍数变化
    Log2(fc):两组间的倍数变化(log2转化)
    pvalue:两组间的p值
    padj:两组间的调整的p值
    *(raw):每个piRNA在每个样品中的原始read counts
    *(norm):每个piRNA在每个样品中的标准化read counts