使用DESeq2 R包计算两组样品间的差异表达piRNA。默认以倍数变化(fold change)>=2.0, p-value<= 0.05作为差异筛选阈值(具体参数查看差异表格header说明)。
piRNAid | sequence | Fold change | p-value | regulation |
---|---|---|---|---|
hsa_piR_000549 | CCCA…UGG | 4.54 | 0.00015 | Up |
表6.差异表达piRNAs
各列说明:
piRNA:piRNA名字
piRNA sequence:piRNA序列
*mean:各组的标准化均值
Fold change:两组间的倍数变化
Log2(fc):两组间的倍数变化(log2转化)
pvalue:两组间的p值
padj:两组间的调整的p值
*(raw):每个piRNA在每个样品中的原始read counts
*(norm):每个piRNA在每个样品中的标准化read counts