1.导入数据包:
    library(ggplot2)

    2.读取csv文件:
    data=read.table(file=”c:\PPV-vs-PPV_TVMV.csv”,header=T,row.names=1,sep=”,”)

    3.设置横轴和纵轴
    r03=ggplot(data,aes(log2FoldChange,-1*log10(pvalue)))

    4.显示火山图
    r03+geom_point()

    5.改变点的颜色
    5.1设置火山图点的颜色(只能设置一种)
    r03 +geom_point(aes(color =”red”)) //添加标注
    5.2设置火山图点的颜色(颜色种类由significant来确定,significant是数据表中的一列,相当于一个tag)
    r03 + geom_point(aes(color =significant)) addcolor=r03 + geom_point(aes(color =significant)) addcolor

    6.设置坐标轴范围和标题 #横坐标范围:xlim(),纵坐标范围:ylim()函数,添加标签:labs(title=“..”,x=“..”,y=“..”)函数r03xy=addcolor+xlim(-4,4)+ ylim(0,30)+ labs(title=”Volcanoplot”,x=expression(log2(log2FoldChange)),y=expression(-log10(pvalue))) r03xy

    7.自定义颜色(要与指定颜色数量一致)
    volcano= r03xy +scale_color_manual(values =c(“green”,”black”, “red”))volcano

    8.添加阈值线(y轴截距,横坐标范围)addline=volcano+geom_hline(yintercept=1.3)+geom_vline(xintercept=c(-1,1))addline

    9.保存图片(名称,图,宽,高):ggsave(“volcano8.png”,volcano,width=8,height=8)