小鬼的单细胞分析系列

2022单细胞学习笔记：

• 单细胞分析1—monocle3分析概览

Seurat官方教程：https://satijalab.org/seurat

• Seurat官方教程1 | 整合受刺激与对照PBMC数据集
• Seurat官方教程2 | 多模式数据分析
• Seurat官方教程3 | 使用Seurat分析、可视化和集成空间数据集
• Seurat官方教程4 | pbmc3k_tutorial最新版
• Seurat官方教程5 | Using Seurat with multimodal data
• Seurat官方教程6 | CITE-seq, RNA + ADT的WNN分析
• Seurat官方教程7 | Introduction to scRNA-seq integration

单细胞教程OSCA：http://bioconductor.org/books/release/OSCA/

• OSCA教程1 | SingleCellExperiment

scanpy 学习笔记：https://scanpy-tutorials.readthedocs.io/en/latest/pbmc3k.html

单细胞course：https://scrnaseq-course.cog.sanger.ac.uk/website/index.html

单细胞NBS：

• 下载：http://renlab.sdsc.edu/r3fang/share/github/Mouse_Brain_10X_snATAC/
• 教程：https://nbisweden.github.io/workshop-scRNAseq/exercises.html

• 视频：https://nbisweden.github.io/workshop-scRNAseq/schedule

  SingleRBook：http://bioconductor.org/books/release/SingleRBook/

  ATAC教程：

• https://www.archrproject.com/bookdown/index.html

• scATAC-seq technologies

  耶鲁大学单细胞分析课程：https://mp.weixin.qq.com/s/w40QLKYHS1SpydSGakmtRA

• 完整的课件在：https://github.com/KrishnaswamyLab/SingleCellWorkshop

• 课程链接：https://www.krishnaswamylab.org/workshop
• 视频：https://www.youtube.com/playlist?list=PLW5ccXvlqgHjcCWuxMxdp6rtVs8fop8tM