主要是利用homologene包来进行方便的人鼠基因转换。
library(homologene)
genelist1<-c("Acadm","Eno2","Acadvl")
genelist2<-c("ACADM","ENO2","ACADVL")
#使用homologene函进行转换
#@genelist是要转换的基因列表
#@inTax是输入的基因列表所属的物种号,10090是小鼠
#@outTax是要转换成的物种号,9606是人
homologene(genelist, inTax = 10090, outTax = 9606)
查看各个物种代码:
homologene::taxData
快速实现人鼠转换:
#鼠转人
mouse2human(genelist1)
# mouseGene humanGene mouseID humanID
# 1 Acadm ACADM 11364 34
# 2 Eno2 ENO2 13807 2026
# 3 Acadvl ACADVL 11370 37
#人转鼠
human2mouse(genelist2)
# humanGene mouseGene humanID mouseID
#1 ACADM Acadm 34 11364
#2 ENO2 Eno2 2026 13807
#3 ACADVL Acadvl 37 11370