主要是利用homologene包来进行方便的人鼠基因转换。

    1. library(homologene)
    2. genelist1<-c("Acadm","Eno2","Acadvl")
    3. genelist2<-c("ACADM","ENO2","ACADVL")
    4. #使用homologene函进行转换
    5. #@genelist是要转换的基因列表
    6. #@inTax是输入的基因列表所属的物种号,10090是小鼠
    7. #@outTax是要转换成的物种号,9606是人
    8. homologene(genelist, inTax = 10090, outTax = 9606)

    查看各个物种代码:

    1. homologene::taxData

    快速实现人鼠转换:

    1. #鼠转人
    2. mouse2human(genelist1)
    3. # mouseGene humanGene mouseID humanID
    4. # 1 Acadm ACADM 11364 34
    5. # 2 Eno2 ENO2 13807 2026
    6. # 3 Acadvl ACADVL 11370 37
    7. #人转鼠
    8. human2mouse(genelist2)
    9. # humanGene mouseGene humanID mouseID
    10. #1 ACADM Acadm 34 11364
    11. #2 ENO2 Eno2 2026 13807
    12. #3 ACADVL Acadvl 37 11370

    参考代码来源:https://www.jianshu.com/p/05554a7aeaf8