Linux系统环境

Linux系统一般有4个主要部分:内核、shell、文件系统和应用程序。
我们用的命令是shell语言
ps -ef| grep May21 查看自己提交的任务
jobs查找当前登陆提交的任务

变量

变量: 环境变量、状态变量、位置参数变量、自定义变量，
调用变量时，要在变量前面加一个 $ 符号
• 环境变量: 用于存储有关shell会话和工作环境的系统变量
• 状态变量: 用于记录命令的运行结果
• 位置参数变量: 用于用于向命令或程序脚本中传递信息
• 自定义变量: 由用户自行定义的变量，可用于用户编写的
脚本，多个命令间的值传递等

通配符与参数扩展

参数扩展练习

$ id=abcdcdcba1
(base) May21 21:26:08 ~
$ echo $id
abcdcdcba1
(base) May21 21:26:23 ~
$ echo ${id#*cd}
cdcba1
(base) May21 21:27:59 ~
$ echo ${id##*cd}
cba1
(base) May21 21:28:22 ~
$ echo ${id%*cd}
abcdcdcba1
(base) May21 21:28:35 ~
$ echo ${id%cd*}
abcd
(base) May21 21:28:57 ~
$ echo ${id%%cd*}
ab
(base) May21 21:29:08 ~
$ echo ${id/cd/x}
abxcdcba1
(base) May21 21:29:45 ~
$ echo ${id//cd/x}
abxxcba1
(base) May21 21:29:54 ~
$ echo ${#id}
10
(base) May21 21:30:35 ~
$ echo ${#id:2}
-bash: ${#id:2}: bad substitution  # 报错啦，多写了#
(base) May21 21:30:43 ~
$ echo ${id:2}
cdcdcba1
(base) May21 21:30:58 ~
$ echo ${id:2:4}
cdcd
(base) May21 21:31:34 ~
$ echo ${id:2:-2}
cdcdcb

结构化语句

条件语句 if

有头有尾，一个if 就要对应一个 fi 。有三种结构：

# 1
if [ condition ]  #条件放在中括号里，内容与括号需要有空格
then
    commands
fi  #结束语，固定搭配

# 2
if [ condition ]
then
    commands
else
    commands
fi

# 3
if [ condition ]
then
    commands
else
    if [ condition ]
    then
        commands
    fi       #一个if需要对应一个fi
fi
# (else if 可以缩写为 elif )
if [ condition ]
then
    commands
elif [ condition ]
    then
        commands
    fi
fi

if 条件语句的常见条件: 数值判断、字符串判断、文件判断

循环语句

for 循环

for i in  1 2 3 4 5 
do
  echo ${i} "Welcome to Biotrainee() !"
done
for i in {1..10}
do
  touch  file${i}
done
list="CDS exon gene start_codon stop_codon transcript UTR"
for i in ${list}
do
  echo  "This feature is ${i}"
done

while 循环

结构化语句练习

(base) May21 21:31:47 ~
$ id=example
(base) May21 22:25:24 ~
$ fastqc ~/Data/${id}.fq
Started analysis of example.fq
Approx 100% complete for example.fq
Analysis complete for example.fq
(base) May21 22:26:09 ~
$ if [ $? -eq 0 ]
> then
> echo 'yes'
> else
> echo 'no'
> fi
yes
(base) May21 22:27:38 ~
$ touch file{1..10}
(base) May21 22:28:02 ~
$ ls
bin      fa1.txt  file2  file5  file8       Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
biosoft  file1    file3  file6  file9       R4.yaml
Data     file10   file4  file7  miniconda3  readme.txt
(base) May21 22:28:10 ~
$ ls file* | while read id
> do
> echo mv ${id} ${id}.txt
> done
mv file1 file1.txt
mv file10 file10.txt
mv file2 file2.txt
mv file3 file3.txt
mv file4 file4.txt
mv file5 file5.txt
mv file6 file6.txt
mv file7 file7.txt
mv file8 file8.txt
mv file9 file9.txt
(base) May21 22:31:24 ~
$ ls file* | while read id; do mv ${id} ${id}.txt; done
(base) May21 22:31:43 ~
$ ls
bin      fa1.txt     file2.txt  file5.txt  file8.txt   Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
biosoft  file10.txt  file3.txt  file6.txt  file9.txt   R4.yaml
Data     file1.txt   file4.txt  file7.txt  miniconda3  readme.txt

shell脚本编程

Vim编辑器

Vim 编辑器:是从 vi 发展出来的一个文本编辑器。代码补全、编译及错误跳转等方便编程的功能特别丰富，在程序员中被广泛使用。

shell 脚本:为了和普通文本文件区分开，通常shell脚本都 会以 .sh 为后缀名
R 语言脚本:.R 为后缀名
Python 脚本:.py 为后缀名

脚本首行的 #! 是Linux的 Shebang 符号，指定解释
1: 标准输出流 2:标准误输出流