简介

Linux 本质上就是一个操作系统，跟 Windows、MacOS 一样。但是，我们更多的是在命令行界面上来使用它，而不是用鼠标在图形化界面上点点点。学习 Linux 基础，主要是 Linux 处理生信数据的高效性、大部分生信软件是基于 Linux 环境开发。作为生信工程师，不需要精通 Linux 的所有知识点，只需要掌握若干个简单的命令即可。通常来说，不建议在自己的 Windows 或 Mac 电脑上安装虚拟机在虚拟机安装 Linux 系统，Windows 系统可以安装 Git 软件以模拟出一个 Linux 环境，或者开启 Ubuntu 子系统，具体方法网上有很多教程，这里不做介绍，Mac 电脑自带的终端就可以使用 Linux 命令，但是部分命令的用法不太一致。还有一个建议是购买云服务器，腾讯云、华为云、阿里云均可，申请了之后进行简单配置即可登录。系统选择 Ubuntu 或 centos 均可。登录之后即可使用。如果你是学生身份，比较推荐使用阿里云：https://promotion.aliyun.com/ntms/act/campus2018.html，可以享受学生优惠。（声明：本人与阿里或马老师无利益相关）

通常来说，我们处理数据需要较高的计算资源和存储资源，所以我们会在一个配置较高的电脑上装 Linux 系统，并且将它用于处理数据，这样的电脑可以称之为服务器。

思维导图

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文件系统结构

在 Linux 系统中，所有的文件都保存在一个根目录下，用 / 表示。其作用可以简单地理解为 Windows 电脑下的“我的电脑”。整个结构可以看下面的根系图：

简单介绍一下这些文件或者文件夹：

/      ## 根目录
/bin/  ## 系统程序
/boot/ ## 内核和启动程序，所有和启动相关的文件都保存在这里
/root/ ## 管理员的家目录
/etc/  ## 系统软件的启动和配置文件，系统在启动过程中需要读取的文件都在这个目录。如用户账户和密码
/dev/  ## 设备文件
/lib/  ## 系统程序库文件
/tmp/  ## 临时文件夹
/home/ ## 普通用户的家目录

常见命令的使用

基本命令格式：跟系统对话时，命令是必须的，而参数和对象（通常是文件或变量）有时候可有可无，需要注意的是：命令 参数 对象 之间是空格隔开的

command   [ -options [parameter]]  [FILE]
命令      [ -选项    [参数]]        [文件]

• 说明：
  • command：命令名，相应功能的英文单词或单词的缩写
  • 代表有时候可以省略
  • -options：选项，用来对命令进行控制，也可以省略，一般有两种格式：-h，—help
  • parameter：传给命令的参数，可以是零个、一个或者多个
  • FILE：要处理的文件