一、三种安装方式

（一）直接输入代码安装（推荐）

1、CRAN包

1、在CRAN官网列表找到包名。

2、安装单个包，输入如下命令：

install.packages('包名')

以ggplot2为例：

install.packages('ggplot2')

3、如果安装多个包，输入如下命令，其他类比安装单个包：

install.packages(c('包名1','包名2','包名3'))

2、Bioconductor包

1、安装BiocManager。3.13为当时最新版本号，需要根据Bioconductor官网的发布更改。

if (!requireNamespace('BiocManager', quietly=TRUE))
    install.packages('BiocManager')
BiocManager::install(version='3.13')

2、提示更新，输入a。

3、安装完成，下载路径见最后一行，一般在C盘，可以把压缩文件删除或者另存。

4、在官网列表找到包名。

5、安装单个包，输入如下命令：

if (!requireNamespace('BiocManager', quietly=TRUE))
    install.packages('BiocManager')
BiocManager::install('包名')

以Mfuzz为例：

if (!requireNamespace('BiocManager', quietly=TRUE))
    install.packages('BiocManager')
BiocManager::install('Mfuzz')

6、提示更新，输入a。安装完成。

7、如果安装多个包，输入如下命令，其他类比安装单个包：

if (!requireNamespace('BiocManager', quietly=TRUE))
    install.packages('BiocManager')
BiocManager::install(c('包名1','包名2','包名3'))

（二）本地命令安装

1、下载包的压缩文件。Windows下载zip格式，Linux下载tar.gz格式。

2、输入以下命令。

install.packages('绝对路径')

如本地安装ggplot2：

install.packages('E:\R\package\ggplot2.zip')

（三）菜单栏中查找安装

1、菜单栏Tools-Install packages

2、可以选CRAN下载，也可以选本地安装。

二、加载和查看

（一）加载

#library函数：直接加载包，不管这个包是否已经被加载。
library(包名)
#require函数：如果包已经被加载，则不加载。
require(包名)

（二）查看

#查看已经安装了哪些包。
installed.packages()
#查看已经加载了哪些包。
(.packages())
#查看已安装的某个包的使用说明。
library('包名') #先加载这个包
help(package='包名')#查看帮助
#查看包的安装位置。
.libPaths()
#查看自己的电脑可以安装哪些包。
available.packages()

三、卸载和备份

（一）卸载包

#注：.library为库名。
remove.packages('包名',.library)

（二）包的备份

先找到包的安装位置，进行备份。卸载重装R后用备份的Library文件夹替换掉新安装产生的Library文件夹即可。