一、软件下载与安装设置

1、进入网站，根据电脑系统选择相应最新版本下载，也可以选择需要的历史版本下载。

2、解压，双击exe文件安装软件，默认安装到C盘，可以自定义安装目录。如果是免安装版本，直接将解压后的文件夹移动到安装目录下。

3、在安装目录下新建文件夹并重命名为db，作为数据库文件夹。

4、右键打开我的电脑-属性-高级系统设置-环境变量
用户变量中新建，变量名BLASTDB，变量值D:\blast-2.9.0+\db（即数据库文件夹路径）。
系统变量中选择Path-编辑-新建，D:\blast-2.9.0+\bin（即安装目录下bin文件夹路径）。

5、查看程序版本信息。
（1）运行cmd，显示如下。

  1. C:\Users\用户名>

（1.1）如果安装路径不在C盘，输入相应盘符+冒号后回车，显示如下。

  1. C:\Users\用户名>D:
  2. D:\>

再输入cd +文件夹路径后回车，完成命令，显示如下。

  1. C:\Users\用户名>D:
  2. D:\>cd D:\blast-2.9.0+
  3. D:\blast-2.9.0+>

（1.2）如果安装路径在C盘，直接输入cd +文件夹路径后回车，完成命令，显示如下。

  1. C:\Users\用户名>cd C:\blast-2.9.0+
  2. C:\blast-2.9.0+>

（2）转到安装目录下后，输入blastn -version查看版本，如下示例即为成功。

  1. D:\blast-2.9.0+>blastn -version
  2. blastn: 2.2.31+
  3. Package: blast 2.2.31, build Jun  2 2015 10:18:08
  5. D:\blast-2.9.0+>

二、数据库格式化

1、下载需要的数据库，放到db文件夹下，必须是fasta格式。

2、执行命令转到db文件夹下，再执行如下命令。

  1. makeblastdb -in xxx.fasta -dbtype nucl/prot -parse_seqids -hash_index -out abc

-in xxx.fasta 复制需要建库的fasta序列名称 -dbtype nucl/prot 如果是核酸库用nucl，蛋白库则用prot -parse_seqids -hash_index 默认加上，不用修改 -out abc 所建数据库的名称，自己写

如果成功则显示如下类似。

  1. D:\blast-2.9.0+\db>makeblastdb -in final_gene.cds.fasta -dbtype nucl -parse_seqids -hash_index -out CDS
  3. Building a new DB, current time: 06/01/2020 15:46:31
  4. New DB name:   D:\blast-2.9.0+\db\CDS
  5. New DB title:  final_gene.cds.fasta
  6. Sequence type: Nucleotide
  7. Keep Linkouts: T
  8. Keep MBits: T
  9. Maximum file size: 1000000000B
  10. Adding sequences from FASTA; added 164632 sequences in 12.4702 seconds.
  12. D:\blast-2.9.0+\db>

3、至此，本地数据库已建立完成。

三、序列相似性检索

1、将查询序列整理为fasta格式，放入安装目录下。

2、运行cmd，转到安装目录下，输入如下命令。

  1. blastx.exe -query xxx.fasta -db db\abc -evalue 1e-5 -out xxx.xml -outfmt "6" -num_alignments 10 -num_threads 2

blastx.exe 程序名，根据需要选择： blastn：输入核酸序列与核酸库比对 blastx：输入核酸序列与蛋白库比对 blastp：输入蛋白序列与蛋白库比对 tblastn：输入蛋白序列与核酸库比对 tblastx：输入核酸序列与核酸库比对（蛋白质层面） query xxx.fasta 查询序列的文件名 db abc 格式化后的数据库名称 evalue 1e-5 比对的e-value值 out xxx.xml 输出结果的文件名 outfmt “6” 输出格式，根据需要选择0-18，常用6、7、10： 0 = Pairwise 1 = Query-anchored showing identities 2 = Query-anchored no identities 3 = Flat query-anchored showing identities 4 = Flat query-anchored no identities 5 = BLAST XML 6 = Tabular 7 = Tabular with comment lines 8 = Seqalign (Text ASN.1) 9 = Seqalign (Binary ASN.1) 10 = Comma-separated values 11 = BLAST archive (ASN.1) 12 = Seqalign (JSON) 13 = Multiple-file BLAST JSON 14 = Multiple-file BLAST XML2 15 = Single-file BLAST JSON 16 = Single-file BLAST XML2 17 = Sequence Alignment/Map (SAM) 18 = Organism Report num_alignments 10 输出比对上的序列的最大值条目数 num_threads 线程数，一般不用管

如果成功则显示如下类似，等待一会儿当第二行跳出来时，结果文件已经输出到安装目录下。

  1. D:\blast-2.9.0+>blastx.exe -query CDS.fasta -db db\PROTEIN -evalue 1e-5 -out 1.txt -outfmt "6" -num_alignments 50 -num_threads 2
  3. D:\blast-2.9.0+>