一、Linux系统简介
工作目录
创建
操作文件
压缩
链接
二、conda相关
- 1、conda基础：
  - 1.1 conda安装、配置镜像、为特定环境设置特殊频道
  - 1.2 创建独立的环境
创建名为rnaseq的conda小环境
启动rnaseq这个conda小环境
退出rnaseq这个conda小环境
列出已存在的小环境
查看conda中已安装的软件
- 1.4 删除没有使用的包
- 1.5 安装软件
3、mamba

一、Linux系统简介

命令格式：命令 + 选项 + 文件
- command [-options [parameter]] [file] ```r
  工作目录
  pwd # print working directory 打印工作目录 ls # list 列出 cd # change directory 切换目录 . # 当前目录 .. # 当前目录 ~ # 家目录 / # 根目录或目录分隔符

创建

mkdir # make directory 建立一个新的目录 touch # 创建文件（摸一个文件出来）

操作文件

mv # move 移动和重命名 rm # remove 删除 cp # copy and paste 拷贝粘贴

压缩

tar # tape archive 压缩或者解压文件

链接

ln # link 链接文件

<a name="fOG33"></a>
### 1、如何操作工作目录：`ls： List information about the FILES`
```r
# 常见参数
-a # 列出全部的文件，连同隐藏文件也一起列出来 all
-l # 列出目录的详细信息
-h # 将目录容量转换为易读的方式：GB，KB等 human
-S # 以文件大小排序 Size
-t # 以时间排序 time
-R # 递归目录列出文件 Recursion
-d # 显示目录本身，而非目录下文件
r w x 可读、可写、可执行 4 2 1 0/1/2/3/4/5/6/7

2、如何新建文件及文件夹

mkdir -p 1/2/3    #递归创建文件夹
tree .                     # 展示出文件夹层级关系
-L level
touch file{1..5}  # 创建file1,file2,....file5文件夹

3、文件夹与文件管理命令

cp  # copy and paste
-r  ## 递归复制粘贴
rm  # remove
-f  ## force 不显示警告讯息，强制删除
-i  ## 在删除前会先询问用户
-r  ## 递归删除文件夹

3.1 创建软链接

# 创建软链接
# 软链接相当于Windows下的快捷方式
# 节约空间
ln # link 链接，分软链接（常用）和硬链接（默认）
# 常见参数：不加参数即为硬链接，加上-s参数即为软链接，软链接的作用类似快捷方式
ln -s target directory  # 前面是要链接的绝对路径，后面是当前目录或者要放置‘快捷方式’的绝对路径
ln -s usr/local/bin/python3.7 python3

4、如何处理压缩文件-tar

tar # tape archive 压缩或者解压文件
# 常见参数
-c    # 创建一个新的tar归档文件（创建压缩文件）
-x    # 从已有tar归档文件中提取文件（解压缩）
-f    # 输出结果到文件或设备
-v    # 在处理文件时显示文件处理进度
-j    # 将输出重定向给bzip2命令
-z    # 将输出重定向给gzip命令
# 常见用法
tar [-参数] [待解压文件]        # 解压
tar [-参数]    [压缩后文件名] [待压缩文件/目录]        # 压缩
# 其他压缩和解压的命令
zip/unzip            # *zip
gzip/gunzip        # *gz
bzip2/bunzip2    # *be2

5、如何查看文件-`cat、head、tail、less`

head/tail
cat/tac
less/more
cat
# concatenate 查看文本文件内容，输出到屏幕
-A    # 列出所有内容，包括特殊字符，如制表符
-n    # 打印出所有行号，-b参数仅打印非空白行行号

6、如何操作和统计文件-`wc、cut、sort、uniq、paste、tr`

wc    # 统计文本
# 常见参数
-l # 统计行数
-w # 统计字符串数
-c # 统计字节数
cut    # 文本切割
# 常见参数
-d # 指定分隔符，默认\t
-f # 输出哪几列（字段fields）
sort    # 排序
# 常见参数
-n # 按照数值从小到大排序
-v # 字符串中含有数值时，按照数值从小到大排序
-r # 逆向排序
-k # 指定区域
-t # 指定分隔符

二、`conda`相关

1、`conda`基础：

conda简介
anaconda是所有语言的包、依赖和环境管理器，像一个硬件商店
miniconda类似于工作台

1.1 `conda`安装、配置镜像、为特定环境设置特殊频道

# 下载miniconda 第二个是镜像 # -c 断点续传
wget -c https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-py38_4.10.3-Linux-x86_64.sh
wget -c https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
# 运行bash文件
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
# 更新(重新配置)配置文件
source  ~/.bashrc # 将后面这个当成整体使用
# echo 'export PATH=~/miniconda3/bin:$PATH' >> ~/.bashrc # 与上面命令作用相同
# 运行conda，得到命令
conda -h
# 配置conda镜像，这三个都是必须的
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda/
conda config --set show_channel_urls yes
# 如果添加一个已经添加过的频道，conda会把这一频道的优先级提前
# 添加的频道写到哪里去了？查看已添加的频道 先添加的频道会到最下面，后添加的频道优先级更高
cat ~/.condarc
conda config --get channels
conda config --show channels
# 为特定环境设置特殊频道
conda config --env --add channels genomedk
## 取消自动激活conda环境
conda config --set auto_activate_base false
## 恢复自动激活conda环境
conda config --set auto_activate_base true

1.2 创建独立的环境

为什么要创建独立的环境？全装在bash里面不好吗？

1、conda会改变原来设置好的环境
2、不同的软件的依赖会相互冲突：a软件依赖python3.7，b软件依赖python3.8
3、方便项目管理：做基因组、转录组、Chip-seq
bash环境里最好不要装任何包，除非知道这个包会对原生环境造成什么影响 ```r
创建名为rnaseq的conda小环境
conda create -n rnaseq -n # 指定环境名称

启动rnaseq这个conda小环境

conda activate rnaseq

退出rnaseq这个conda小环境

conda deactivate

列出已存在的小环境

conda env list conda info —env

查看conda中已安装的软件

conda list # 查看当前环境所安装的软件 conda list fast* # 查看符合正则表达式的软件 conda list -n rnaseq # 查看指定环境中的软件

<a name="zaKWj"></a>
#### 1.3 删除&重命名小环境
```r
# 删除已创建的小环境及安装的包
conda remove -n rnaseq --all
# 删除特定环境下的特定软件，如何指定？
conda remove -n rnaseq fastqc 
# 不指定-n参数就要进入该环境之后才能进行删除操作，同样，-y 能够跳过确认执行的步骤
# 重命名一个小环境
conda create -n Python2
conda create -n p2 --clone Python2 # 重命名，克隆了一个
conda remove -n p2 --all

1.4 删除没有使用的包

清除掉下载了但是没有用到的包

conda clean -i
-i    # 清除索引缓存 注：更换镜像后记得运行这一条
-p    # 
-t
-a # all

1.5 安装软件

哪些软件可以用conda装？

# 方法一：网站查询
https://anaconda.org/search
https://bioconda.github.io/
# 方法二：conda search xxx

1.5.1 如何安装指定版本的软件？

# 在不指定版本的情况下，conda默认安装该软件的最新版
# 1、先看看有哪些可以安装的版本
conda search [软件名称]
mamba repoquery search fastqc # 这个更快
# 2、安装指定版本的软件
conda install [软件名称]=[版本号]
# 添加 -y 参数跳过确认步骤

1.5.2 升级软件

# 升级安装的软件
conda update fastqc
# 升级conda本身
conda update conda    # 只要不影响使用，就不建议升级
# 安装旧版本的软件只需要指定该软件的旧版本就可以

1.5.3 如何用conda将软件安装到指定位置

mkdir biosoft # 先创建一个文件夹
cd biosoft
mkdir samtools # 进入文件夹，再创建一个文件夹
conda install -p ~/biosoft/samtoos samtools        # 使用-p参数指定安装位置

2、Rstudio使用conda环境的R

# 对rstudio的配置文件进行编辑
vi /etc/rstudio/rserver.conf
# 将conda虚拟环境中固定版本的R的路径设置为rstudio的路径
rsession-which-r=/home/geneteam/miniconda3/envs/rnaseq/bin/R

3、`mamba`

3.1 用`mamba`装软件更加迅速

mamba加速了其中的一些线速度的步骤，对conda install进行改造，使其可以并行下载；增加了一些新功能

# 切换到base环境
conda activate base
# 在base环境下安装mamba
conda install mamba
# 搜索软件
mamba search [软件名称]
mamba repoquery search fastqc # 更快
# 安装软件 mamba可以多线程装软件
mamba install fastqc
# 装在base环境中的包在小环境中依然可以调用，因此不需要在每个环境里都安装一遍

3.2 `除启动环境外（conda activate rnaseq），所有conda的命令都可以用mamba代替`

查看依赖关系

# mamba可以查看安装的软件之间的依赖关系
# 我依靠谁 -t 以树状列出
mamba repoquery depends -t samtools
# 谁依赖我
mamba repoquery whoneeds -t python

3.3 版本控制和迁移

1、发文章时候提供版本号
2、更换服务器、分享的时候保持软件版本不变

3.3.1 方法：用`conda list`的`export`功能

conda list # 查看当前环境所安装的软件
# 导出环境中安装的包的列表
conda list -n rnaseq --export > conda_rnaseq_list.txt
# 内容：软件名 = 版本号 = build
# 安装导出的信息
conda create -n rna -file conda_rnaseq_list.txt

3.3.2 方法：用`conda env`的`export`功能

# 导出想要的环境
conda enc export -n rnaseq > rnaseq.yml
# 根据导出的yml文件创建环境
conda env create -f rnaseq.yml
# 根据导出的yml文件更新环境
conda env update -f rnaseq.yml
# yml文件提供的信息更全面

3.3.3 方法：本地安装【没试过】

适用于：网络不行、不连外网的服务器
先通过wget把包下载到本地，移动到miniconda3的pkgs文件夹下

conda --use-local [包名]

01 Linux & Conda