• 输入文件的文件名与其他文件必须以以下格式进行：
      1. - z-vasp.pbs
      2. - aispop                                                           /*主程序*/
      3. - ./----|structure                                                /*structure 是目录*/

    |——— input /aisp 输入参数文件/
    |——— INCAR
    |——— POTCAR
    |——｛ 1_POSCAR_Spg1_Se12
    …..
    1_POSCAR_Spg80_Se12
    ｝
    注：z-vasp.pbs, aispop, structure 在同一个目录下， structure 中包含所有的输入文件，INCAR,POTCAR,以及产生好的1_POSCAR_Spg1_Se12此类文件；不要自己修改这些文件的
    名字，否则程序报错！

    • input 文件输入参数

      1. - 调用第一性程序相关参数：
      2.    - pbs_nodefile:    节点列表文件名，一般指定为mf，由pbs作业脚本自动生成
      4.    - np：    该次作业总核数，一般由作业脚本确定, 例如pbs脚本中 “$NP = 节点数*每个节点核数”
      6.    - mpirun：    mpirun所在的绝对路径，在设置好环境变量后用“which mpirun”查看
      8.    - exe：    第一性程序所在绝对位置，例如：VASP
      10.    - optimizer：    明确使用哪种第一性软件, 目前只有 VASP 可选
      12. - 搜索算法部分：
      13.    - algorithm：搜索算法：目前只有GA基因算法可选
      14.    - GA：    搜索算法中分为“std”，“eli”两类，极力推荐使用“std”标准GA。
      15.    - cross_over:    杂交方式
      16.          - single_point
      17.          - mulit_point
      18.          - dummy
      19.          - average    
      20.          - hardness
      21.       - 此处 推荐使用hardness 
      22.    - check：    false 为默认值 表示是否进行空间群检查 建议为：true
      23.    - energy_choose： 1 使用内聚能
      24.    - generation_number:    GA 迭代步数 （建议先做2-3次迭代）
      25.    - first_num_generation：    初代使用的种子数
      26.    - num_per_generation：    后代产生的种子数：建议为first_num_generation 的0.45 为好
      27.    - lowest_choose_rate：     选择多少最低能量的晶体进入下一代：无默认值，建议0.2-0.3
      28.    - crossover_rate：    杂交比率：无默认值，建议0.5-0.7
      29.    - mutation_rate ：    突变比率：无默认值,  建议0.1-0.2

    AispOp输入参数文件input例子
    pbs_nodefile = mf
    np = 24
    mpirun = /public/home/users/ustc002/bin/intelmpi/impi/5.0.3.049/intel64/bin/mpirun
    exe = /public/home/users/ustc002/bin/vasp.5.4.4_2d/build/std/vasp
    algorithm = GA
    optimizer = VASP
    re_start = 0
    GA = std
    cross_over = hardness
    lattice_type = 2
    generation_number = 3
    first_num_generation = 64
    num_per_generation = 30
    check = true
    energy_choose = 1
    lowest_choose_rate = 0.3
    crossover_rate = 0.6
    mutation_rate = 0.1

    PBS输入例子
    #!/bin/sh
    #PBS -N vasp
    #PBS -l nodes=1:ppn=24
    #PBS -q snode
    #PBS -e err
    #PBS -o out
    REAL_NP_PER_NODE=24 #6 MPI on each node
    export OMP_NUM_THREADS=1 #call 4 openmp threads
    cd $PBS_O_WORKDIR
    #generate nodelist
    rm -rf $PWD/structure/mf 1>/dev/null 2>&1
    for i in cat $PBS_NODEFILE | sort | uniq
    do
    for j in seq 1 $REAL_NP_PER_NODE
    do
    echo $i >> $PWD/structure/mf
    done
    done
    #nodelist done
    cd $PBS_O_WORKDIR
    NP=cat $PBS_NODEFILE | wc -l
    chmod +x ./aispop
    ./my_aisp > runlog