不时有朋友提出这个问题。但这个问题之所以有,那么是不了解富集分析的基本原理。主要原因大体有两个:

    1. 拿着选择集(如差异表达)的所有基因进行注释,然后作为背景,使用选择集进行富集分析。注意到,这时候选择集和背景一模一样,pvalue肯定都是1
    2. 拿着背景基因ID当做选择集进行富集分析,这时候,选择集就是背景,一模一样,pvalue肯定也是 1

    富集分析的原理搞明白,就不会出现这个问题。具体应该好好看看教程
    「GO富集分析」从原理到实践 ~ 零基础掌握