1.资源介绍：
在/home/data/server下，我们准备了丰富的数据资源供大家使用：
2.ssh登陆方式（命令行和软件） windows和mac:
1.软件套装推荐：
2.windows 登录(填表法)：
软件：Xshell
必备信息：
- IP地址：
IP地址是由一串数字和“.”号组成的，用来识别每台计算机的数字，也就是说每台电脑都会有一个唯一的IP地址。可以通过以下方法查询自己电脑的IP地址。
这种查询只是本机的IP地址，服务器的IP地址为：120.77.173.108，已经通过邮箱发给大家了。 - 端口号
端口是一串数字，用来寻找计算机上的某个软件。它通常和IP地址一起连用，通过每台电脑唯一的IP地址来确定信息传递的过程中的传递方向，在通过特定的端口来确定信息要传递到电脑上的哪一个软件中。就好比网购填的收货地址一样，省、市对应IP地址，门牌号对应端口。
端口的查询可以进入电脑的cmd命令操作界面（进入方法如上图）输入 netstat -na 命令即可。
注：图片中显示的端口只是个人电脑中的端口，不是连接服务器时用到的端口 - 用户名
- 密码
Xshell的界面如图，下面开始填表：
3.Mac 登录(命令法)：
软件：终端/iTerm2
必备信息：
- 用户名
- IP地址
- 端口
- 用户密码
命令法语法格式：
第一步：打开终端或者iTerm2,输入以下命令
ssh 用户名@IP地址 -p 端口
第二步：回车输入密码 —- 注意输入密码界面没反应但已经输入了按回车就登陆了
3.rstudio网页登录和退出:
1.Rserve登录
首先打开浏览器、再在地址栏输入IP:端口
然后在弹出的页面中输入用户名和密码即可：
2.Rserver 退出
退出Rserver最好不要直接关闭网页，否则有可能导致以后登陆Rserver报错。
在退出之前该保存保存好，然后清理掉变量，最后退出即可
R包的问题
3.如何调用服务器上的R包？
参考链接：https://blog.csdn.net/yijiaobani/article/details/89497342
这里涉及.libPaths()这个命令和.Rprofile这个文件。先看下.libPaths()的作用是什么，这个函数作用的官方解释如上图。简单来说.libPaths()是用来搜索R包的路径。例如：直接在Rserver中输入.libPaths()就会显示调用R包的路径（如下图）
如果想在调用服务器中的R包有两种方法，第一种方法需要每次登陆服务器中都设置一下；第二种是一次设置长期有效。
1 直接在.libPaths()中输入服务器公共R包的路径即可。
结果如下图，首先调用ggplot2，报错说不存在这个R包。然后.libPaths()查看现有R包路径，这两个路径是默认的，里面没有安装过ggplot2，所以报错也是应该的。接着.libPaths(“home/data/refdir/Rlib”)设置公共目录R包的路径，最后library(ggplot2)调用成功
2 登陆服务器创建一个.Rprofile然后在这个文件中输入你要调用R包的位置即可。**
代码如下：
echo .libPaths(c(‘“/home/data/refdir/Rlib”,”/home/data/vipxx/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.0”,”/usr/local/lib/R/library”,”/usr/local/lib/R/site-library”‘)) >> .Rprofile && cat .Rprofile
注意：这里的vipxx要换成自己的用户名，另一点值得注意的是，创建了 .Rprofile添加了路径后可能不会立即生效， 可能需要过一天才行。
4.软件安装和生物信息学软件管理:
conda软件配置和使用请自学“Linux公益课(2021) 生物信息学”群的钉钉群号：33840083
下面推荐Linux学习资源:
- 蓝桥实验楼Linux 学习：https://www.shiyanlou.com/courses/
- Datacamp shell 学习： https://learn.datacamp.com/skill-tracks
5.查看服务器资源（htop，top, lscpu,free ）:
Htop 使用教程：https://blog.csdn.net/zt3032/article/details/87709366
进程管理及top命令：https://www.yuque.com/mugpeng/linux/omip8p#raXQg
6.本地文件与服务器交互：
文件上传下载： https://mp.weixin.qq.com/s/ld-ghhKypbzJwUiD3MGRiA
7.常见问题汇总
Q1 关于FileZilla来传输文件的问题
Q2 Rserver无法登陆？
1 检查登陆方式是否正确 （IP 端口是否弄错了）
2 **
**
3 清空浏览器cookie缓存
4 换个浏览器登陆
5 当以上办法都没用时，就可以使用这个终极大招了
首先登陆到服务器中，在家目录中找到并进入.rstudio这个隐藏目录，然后删除这个目录中的session文件夹。最后重新登陆Rsever即可
**find ~/.rstudio -name “sessions”
代码如上，不过在确保自己有关R的目录名称都是没有改动的，不然可能会带来些意外；最后提醒 rm -r 命令用时需谨慎
Q3如何调用服务器上的R包？
参考链接：https://blog.csdn.net/yijiaobani/article/details/89497342
这里涉及.libPaths()这个命令和.Rprofile这个文件。先看下.libPaths()的作用是什么，这个函数作用的官方解释如上图。简单来说.libPaths()是用来搜索R包的路径。例如：直接在Rserver中输入.libPaths()就会显示调用R包的路径（如下图）
如果想在调用服务器中的R包有两种方法，第一种方法需要每次登陆服务器中都设置一下；第二种是一次设置长期有效。
**
结果如下图，首先调用ggplot2，报错说不存在这个R包。然后.libPaths()查看现有R包路径，这两个路径是默认的，里面没有安装过ggplot2，所以报错也是应该的。接着.libPaths(“home/data/refdir/Rlib”)设置公共目录R包的路径，最后library(ggplot2)调用成功
2 登陆服务器创建一个.
echo .libPaths(c(‘“/home/data/refdir/Rlib”,”/home/data/vipxx/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.0”,”/usr/local/lib/R/library”,”/usr/local/lib/R/site-library”‘)) >> .Rprofile && cat .Rprofile
注意：这里的vipxx要换成自己的用户名，另一点值得注意的是，创建了 **
Q4如何给自己的家目录设置权限？
Q5 如何查看自己的磁盘存储空间？
quota -uvs user
第一列space表示你现在用了多少存储空间，而不是剩余多少空间。
第二列quota表示服务器对你软限制空间是多少。
第三列limit表示服务器对你的硬限制是多少。
第四列grace time表示当你使用的内存介于软限制和硬限制之间时，服务器对你的宽限时间，即在这段限制的时间内你需要管理你的存储空间，使其容量低于软限制。
第五列files表示你现有的文件个数。
第六列quota表示服务器对你文件个数的软限制。
第七列limit表示服务器对你文件个数的硬限制。
Q6 conda install 无法安装软件？
Q7 关闭电脑后怎么继续在服务器上运行程序？
https://mp.weixin.qq.com/s/DbzYmGSrINbyZcEOl-qQPg
Q8 Rserver中怎么调用自己电脑中的数据？
这里面有3个关键词：服务器、自己的数据、Rserver。
服务器本身就是一台电脑，只不过是一台没有显示器但内存和存贮空间十分大的且十分笨重的一台大型电脑。
Rserver是搭建在服务器上的类似于Rstudio一样的编程界面，Rserver的存在就像Rstudio一样方便在服务器中编程。
因此，服务器就相当于个人的电脑，Rserver就好比个人电脑上的Rstudio。所以在Rserver中设置工作目录和在Rstudio中没差别，需要调用自己电脑中的数据就把数据上传到服务器中即可。
图一是服务器中显示家目录中的文件，图二是Rserver中显示工作目录下的文件。
Q9 怎么查看自己服务器使用了多少存在空间
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