文件看X6

cat

cat可以查看一个文件
cat -n 标注文件每一行的行号
-A ## 列出所有内容，包括特殊字符，如制表符
-b 参数仅打印非空白行行号
zcat：可以查看压缩的文本文件
cat > file 写入数据到一个叫file的文件中

head

查看文件前十行
head -n n代表任意数字，例如-8就显示前8行
head常结合管道符用于控制输出行数 |

more

逐页查看，按空格翻页，按回车换行，q退出

less

less [参数] 文件名
上下左右键查看文本内容
-N：显示行号
-S：单行显示
zless：查看压缩文件

文本查看、操作、统计命令

wc

-l 统计行数
-w 统计字符串数
-c 统计字节数

cut

cut：文本切割
-f 输出哪几列（字段fields）
-d 可以定义分隔符 (只能指定一个字符，不能指定多个字符)
cut –d不只可以指定标点符号为分隔符，也可指定字母或者数字等字符为分隔符

$ less -S example.gtf| cut -f 1 | head 
chr1
chr1
chr1
chr1
chr1
chr1
chr1
chr1
chr1
chr1
July8 21:10:19 ~/Data
$ less -S example.gtf| cut -d 'r' -f 1 | head 
ch
ch
ch
ch
ch
ch
ch
ch
ch
ch

sort

-n：按照数值从小到大进行排序
-V：字符串中含有数值时，按照数值从小到大排序
-r：逆向排序
-k：指定区域
-t：指定分隔符

uniq

-c 统计重复行数
去除重复行
只能去除相邻重复的，所以前面需要先sort一下

paste

文本合并 默认按列合并
-d：指定分隔符
-s：按行合并

July8 10:56:37 ~/Data
$ cat file1
1
2
3
4
5
July8 10:56:43 ~/Data
$ cat file2
A
B
C
D
$ paste -s file1 file2
1    2    3    4    5
A    B    C    D
July8 10:57:15 ~/Data
$ paste  file1 file2
1    A
2    B
3    C
4    D
5    
July8 10:57:29 ~/Data
$ paste  -d ':' file1 file2
1:A
2:B
3:C
4:D
5:

tr

字符替换 tr ‘ ‘ ‘\n’ 将空格替换成回车
-d：删除指定字符 tr -d ‘ ‘ 直接删除空格
-s：缩减连续重复字符

linux进阶

vim

命令模式

上下左右键可移动光标 hjkl也可上下左右移动光标 数字加上下左右可以实现多少行快速移动
shift+4——$可以快速移动到一行字的末尾
shift+6——^可以快速移动到一行字的开头
ctrl+f / b 上下快速翻页（forward/back）
gg：快速回到文档的第一行的第一个字符
G:快速到文件底部
[[ 快速回到第一行开头 ]]快速回到最后一行开头
x 删除光标后面的一个字符 10x 删除光标后的10个字符
dd 删除一整行，5dd 删除5行
yy 复制 p（paste）在光标的下一行处粘贴 P在光标的上一行处粘贴
u 撤销，复原前一个动作（可连续撤销）
ctrl+r:重复上一个动作

编辑模式

输入i后进入编辑模式 按esc退出该模式

冒号模式/末行模式

按冒号进入冒号模式

set ff=unix 三大平台识别的回车都不一样 \n \r 或其他，这个命令就是转变格式 ff（file format）文件格式
：%///g 全局替换 ：%/HAVANA/ENSEMBL/g 将全部的HAVANA替换成ENSEMBL
:s/gene/XXXXX/ 将gene替换成XXXXX一次，光标所在行
:s/gene/XXXXX/ 2 将gene替换成XXXXX两次，光标所在行