3.7 检测Eigen库

3.7 检测Eigen库

NOTE:此示例代码可以在 https://github.com/dev-cafe/cmake-cookbook/tree/v1.0/chapter-03/recipe-07 中找到，包含一个C++的示例。该示例在CMake 3.9版(或更高版本)中是有效的，并且已经在GNU/Linux、macOS和Windows上进行过测试。https://github.com/dev-cafe/cmake-cookbook/tree/v1.0/chapter-03/recipe-06 中也有一个适用于CMake 3.5的C++示例。

BLAS库为矩阵和向量操作提供了标准化接口。不过，这个接口用Fortran语言书写。虽然已经展示了如何使用C++直接使用这些库，但在现代C++程序中，希望有更高级的接口。

纯头文件实现的Eigen库，使用模板编程来提供接口。矩阵和向量的计算，会在编译时进行数据类型检查，以确保兼容所有维度的矩阵。密集和稀疏矩阵的运算，也可使用表达式模板高效的进行实现，如：矩阵-矩阵乘积，线性系统求解器和特征值问题。从3.3版开始，Eigen可以链接到BLAS和LAPACK库中，这可以将某些操作实现进行卸载，使库的实现更加灵活，从而获得更多的性能收益。

本示例将展示如何查找Eigen库，使用OpenMP并行化，并将部分工作转移到BLAS库。

本示例中会实现，矩阵-向量乘法和LU分解)，可以选择卸载BLAS和LAPACK库中的一些实现。这个示例中，只考虑将在BLAS库中卸载。

准备工作

本例中，我们编译一个程序，该程序会从命令行获取的随机方阵和维向量。然后我们将用LU分解来解线性方程组Ax=b。以下是源代码(linear-algebra.cpp):

#include <chrono>
#include <cmath>
#include <cstdlib>
#include <iomanip>
#include <iostream>
#include <vector>
#include <Eigen/Dense>
int main(int argc, char **argv)
{
  if (argc != 2)
  {
    std::cout << "Usage: ./linear-algebra dim" << std::endl;
    return EXIT_FAILURE;
  }
  std::chrono::time_point<std::chrono::system_clock> start, end;
  std::chrono::duration<double> elapsed_seconds;
  std::time_t end_time;
  std::cout << "Number of threads used by Eigen: " << Eigen::nbThreads()
            << std::endl;
  // Allocate matrices and right-hand side vector
  start = std::chrono::system_clock::now();
  int dim = std::atoi(argv[1]);
  Eigen::MatrixXd A = Eigen::MatrixXd::Random(dim, dim);
  Eigen::VectorXd b = Eigen::VectorXd::Random(dim);
  end = std::chrono::system_clock::now();
  // Report times
  elapsed_seconds = end - start;
  end_time = std::chrono::system_clock::to_time_t(end);
  std::cout << "matrices allocated and initialized "
            << std::put_time(std::localtime(&end_time), "%a %b %d %Y
  %r\n")
            << "elapsed time: " << elapsed_seconds.count() << "s\n";
  start = std::chrono::system_clock::now();
  // Save matrix and RHS
  Eigen::MatrixXd A1 = A;
  Eigen::VectorXd b1 = b;
  end = std::chrono::system_clock::now();
  end_time = std::chrono::system_clock::to_time_t(end);
  std::cout << "Scaling done, A and b saved "
            << std::put_time(std::localtime(&end_time), "%a %b %d %Y %r\n")
            << "elapsed time: " << elapsed_seconds.count() << "s\n";
  start = std::chrono::system_clock::now();
  Eigen::VectorXd x = A.lu().solve(b);
  end = std::chrono::system_clock::now();
  // Report times
  elapsed_seconds = end - start;
  end_time = std::chrono::system_clock::to_time_t(end);
  double relative_error = (A * x - b).norm() / b.norm();
  std::cout << "Linear system solver done "
            << std::put_time(std::localtime(&end_time), "%a %b %d %Y %r\n")
            << "elapsed time: " << elapsed_seconds.count() << "s\n";
  std::cout << "relative error is " << relative_error << std::endl;
  return 0;
}

矩阵-向量乘法和LU分解是在Eigen库中实现的，但是可以选择BLAS和LAPACK库中的实现。在这个示例中，我们只考虑BLAS库中的实现。

具体实施

这个示例中，我们将用到Eigen和BLAS库，以及OpenMP。使用OpenMP将Eigen并行化，并从BLAS库中卸载部分线性代数实现:

首先声明CMake最低版本、项目名称和使用C++11语言标准:

cmake_minimum_required(VERSION 3.9 FATAL_ERROR)
project(recipe-07 LANGUAGES CXX)
set(CMAKE_CXX_STANDARD 11)
set(CMAKE_CXX_EXTENSIONS OFF)
set(CMAKE_CXX_STANDARD_REQUIRED ON)

因为Eigen可以使用共享内存的方式，所以可以使用OpenMP并行处理计算密集型操作:
```
find_package(OpenMP REQUIRED)
```
调用find_package来搜索Eigen(将在下一小节中讨论):
```
find_package(Eigen3 3.3 REQUIRED CONFIG)
```
如果找到Eigen，我们将打印状态信息。注意，使用的是Eigen3::Eigen，这是一个IMPORT目标，可通过提供的CMake脚本找到这个目标:
```
if(TARGET Eigen3::Eigen)
  message(STATUS "Eigen3 v${EIGEN3_VERSION_STRING} found in ${EIGEN3_INCLUDE_DIR}")
endif()
```

接下来，将源文件声明为可执行目标:

add_executable(linear-algebra linear-algebra.cpp)

然后，找到BLAS。注意，现在不需要依赖项:
```
find_package(BLAS)
```

如果找到BLAS，我们可为可执行目标，设置相应的宏定义和链接库:

if(BLAS_FOUND)
  message(STATUS "Eigen will use some subroutines from BLAS.")
  message(STATUS "See: http://eigen.tuxfamily.org/dox-devel/TopicUsingBlasLapack.html")
  target_compile_definitions(linear-algebra
    PRIVATE
        EIGEN_USE_BLAS
    )
  target_link_libraries(linear-algebra
    PUBLIC
        ${BLAS_LIBRARIES}
    )
else()
    message(STATUS "BLAS not found. Using Eigen own functions")
endif()

最后，我们链接到Eigen3::Eigen和OpenMP::OpenMP_CXX目标。这就可以设置所有必要的编译标示和链接标志:
```
target_link_libraries(linear-algebra
  PUBLIC
    Eigen3::Eigen
    OpenMP::OpenMP_CXX
  )
```

开始配置:

$ mkdir -p build
$ cd build
$ cmake ..
-- ...
-- Found OpenMP_CXX: -fopenmp (found version "4.5")
-- Found OpenMP: TRUE (found version "4.5")
-- Eigen3 v3.3.4 found in /usr/include/eigen3
-- ...
-- Found BLAS: /usr/lib/libblas.so
-- Eigen will use some subroutines from BLAS.
-- See: http://eigen.tuxfamily.org/dox-devel/TopicUsingBlasLapack.html

最后，编译并测试代码。注意，可执行文件使用四个线程运行:

$ cmake --build .
$ ./linear-algebra 1000
Number of threads used by Eigen: 4
matrices allocated and initialized Sun Jun 17 2018 11:04:20 AM
elapsed time: 0.0492328s
Scaling done, A and b saved Sun Jun 17 2018 11:04:20 AM
elapsed time: 0.0492328s
Linear system solver done Sun Jun 17 2018 11:04:20 AM
elapsed time: 0.483142s
relative error is 4.21946e-13

工作原理

Eigen支持CMake查找，这样配置项目就会变得很容易。从3.3版开始，Eigen提供了CMake模块，这些模块将导出相应的目标Eigen3::Eigen。

find_package可以通过选项传递，届时CMake将不会使用FindEigen3.cmake模块，而是通过特定的Eigen3Config.cmake，Eigen3ConfigVersion.cmake和Eigen3Targets.cmake提供Eigen3安装的标准位置(<installation-prefix>/share/eigen3/cmake)。这种包定位模式称为“Config”模式，比Find<package>.cmake方式更加通用。有关“模块”模式和“配置”模式的更多信息，可参考官方文档 https://cmake.org/cmake/help/v3.5/command/find_package.html 。

虽然Eigen3、BLAS和OpenMP声明为PUBLIC依赖项，但EIGEN_USE_BLAS编译定义声明为PRIVATE。可以在单独的库目标中汇集库依赖项，而不是直接链接可执行文件。使用PUBLIC/PRIVATE关键字，可以根据库目标的依赖关系调整相应标志和定义。