第1章 Spark性能优化

1.1 调优基本原则

1.1.1 基本概念和原则

首先,要搞清楚Spark的几个基本概念和原则,否则系统的性能调优无从谈起:
每一台host上面可以并行N个worker,每一个worker下面可以并行M个executor,task们会被分配到executor上面去执行。Stage指的是一组并行运行的task,stage内部是不能出现shuffle的,因为shuffle的就像篱笆一样阻止了并行task的运行,遇到shuffle就意味着到了stage的边界。
CPU的core数量,每个executor可以占用一个或多个core,可以通过观察CPU的使用率变化来了解计算资源的使用情况,例如,很常见的一种浪费是一个executor占用了多个core,但是总的CPU使用率却不高(因为一个executor并不总能充分利用多核的能力),这个时候可以考虑让一个executor占用更少的core,同时worker下面增加更多的executor,或者一台host上面增加更多的worker来增加并行执行的executor的数量,从而增加CPU利用率。但是增加executor的时候需要考虑好内存消耗,因为一台机器的内存分配给越多的executor,每个executor的内存就越小,以致出现过多的数据spill over甚至out of memory的情况。
此处总结:worker包含Executor包含core
要么多Worker,要么多Executor,要么多core,但是在资源总量不变得情况下,分的越多,每个executor就给得内存越少,可能会出现OOM


partition和parallelism,partition指的就是数据分片的数量,每一次task只能处理一个partition的数据,这个值太小了会导致每片数据量太大,导致内存压力,或者诸多executor的计算能力无法利用充分;但是如果太大了则会导致分片太多,执行效率降低。在执行action类型操作的时候(比如各种reduce操作),partition的数量会选择parent RDD中最大的那一个。而parallelism则指的是在RDD进行reduce类操作的时候,默认返回数据的paritition数量(而在进行map类操作的时候,partition数量通常取自parent RDD中较大的一个,而且也不会涉及shuffle,因此这个parallelism的参数没有影响)。所以说,这两个概念密切相关,都是涉及到数据分片的,作用方式其实是统一的。通过spark.default.parallelism可以设置默认的分片数量,而很多RDD的操作都可以指定一个partition参数来显式控制具体的分片数量。
看这样几个例子:
(1)实践中跑的Spark job,有的特别慢,查看CPU利用率很低,可以尝试减少每个executor占用CPU core的数量,增加并行的executor数量,同时配合增加分片,整体上增加了CPU的利用率,加快数据处理速度。
(2)发现某job很容易发生内存溢出,我们就增大分片数量,从而减少了每片数据的规模,同时还减少并行的executor数量,这样相同的内存资源分配给数量更少的executor,相当于增加了每个task的内存分配,这样运行速度可能慢了些,但是总比OOM强。
原来10个分片【共10G,1G/片】,改成20个分片【0.5G/片】。
10个Executor【共10G内存,1G/Executor】 -> 5个Executor.【2G/Executor】
增加Executor内存资源,task在executor中跑程序。
总结:少了并行,慢了些,但是每个task得内存大了。不至于OOM

(3)数据量特别少,有大量的小文件生成,就减少文件分片,没必要创建那么多task,这种情况,如果只是最原始的input比较小,一般都能被注意到;但是,如果是在运算过程中,比如应用某个reduceBy或者某个filter以后,数据大量减少,这种低效情况就很少被留意到。

最后再补充一点,随着参数和配置的变化,性能的瓶颈是变化的,在分析问题的时候不要忘记。例如在每台机器上部署的executor数量增加的时候,性能一开始是增加的,同时也观察到CPU的平均使用率在增加;但是随着单台机器上的executor越来越多,性能下降了,因为随着executor的数量增加,被分配到每个executor的内存数量减小,在内存里直接操作的越来越少,spill over到磁盘上的数据越来越多,自然性能就变差了。

其次,涉及性能调优我们经常要改配置,在Spark里面有三种常见的配置方式,虽然有些参数的配置是可以互相替代,但是作为最佳实践,还是需要遵循不同的情形下使用不同的配置:
1.设置环境变量,这种方式主要用于和环境、硬件相关的配置;
2.命令行参数,这种方式主要用于不同次的运行会发生变化的参数,用双横线开头;
3.代码里面(比如Scala)显式设置(SparkConf对象),这种配置通常是application级别的配置,一般不改变。

举一个配置的具体例子。slave、worker和executor之间的比例调整。我们经常需要调整并行的executor的数量,那么简单说有两种方式:

1.每个worker内始终跑一个executor,但是调整单台slave上并行的worker的数量。
比如,SPARK_WORKER_INSTANCES可以设置每个slave的worker的数量,但是在改变这个参数的时候,比如改成2,一定要相应设置SPARK_WORKER_CORES的值,让每个worker使用原有一半的core,这样才能让两个worker一同工作;

2.每台slave内始终只部署一个worker,但是worker内部署多个executor。我们是在YARN框架下采用这个调整来实现executor数量改变的,一种典型办法是,一个host只跑一个worker,然后配置spark.executor.cores为host上CPU core的N分之一,同时也设置spark.executor.memory为host上分配给Spark计算内存的N分之一,这样这个host上就能够启动N个executor。

有的配置在不同的MR框架/工具下是不一样的,比如YARN下有的参数的默认取值就不同,这点需要注意。
明确这些基础的事情以后,再来一项一项看性能调优的要点。

1.1.2 性能监控方式

1.1.2.1 Spark Web UI

Spark提供了一些基本的Web监控页面,对于日常监控十分有用。
通过http://master:4040(默认端口是4040,可以通过spark.ui.port修改)我们可以获得运行中的程序信息:
(1)stages和tasks调度情况;
(2)RDD大小及内存使用;
(3)系统环境信息;
(4)正在执行的executor信息。

如果想当Spark应用退出后,仍可以获得历史Spark应用的stages和tasks执行信息,便于分析程序不明原因挂掉的情况。可以开启History Server。
配置方法如下:
(1)$SPARK_HOME/conf/spark-env.sh
export SPARK_HISTORY_OPTS=”-Dspark.history.retainedApplications=50
Dspark.history.fs.logDirectory=hdfs://master01:9000/directory”
说明:spark.history.retainedApplica-tions仅显示最近50个应用spark.history.fs.logDirectory:Spark History Server页面只展示该路径下的信息。

(2)$SPARK_HOME/conf/spark-defaults.conf
spark.eventLog.enabled true
spark.eventLog.dir hdfs://hadoop000:8020/directory #应用在运行过程中所有的信息均记录在该属性指定的路径下
spark.eventLog.compress true

(3)HistoryServer启动
$SPARK_HOMR/bin/start-histrory-server.sh

(4)HistoryServer停止
$SPARK_HOMR/bin/stop-histrory-server.sh

同时Executor的logs也是查看的一个出处:
Standalone模式:$SPARK_HOME/logs
YARN模式:在yarn-site.xml文件中配置了YARN日志的存放位置:yarn.nodemanager.log-dirs,或使用命令获取yarn logs -applicationId。

同时通过配置ganglia,可以分析集群的使用状况和资源瓶颈,但是默认情况下ganglia是未被打包的,需要在mvn编译时添加-Pspark-ganglia-lgpl,并修改配置文件$SPARK_HOME/conf/metrics.properties。

1.1.2.2 其他监控工具

Nmon(http://www.ibm.com/developerworks/aix/library/au-analyze_aix/
Nmon 输入:c:CPU n:网络 m:内存 d:磁盘
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Jmeter(http://jmeter. apache.org/
通常使用Jmeter做系统性能参数的实时展示,JMeter的安装非常简单,从官方网站上下载,解压之后即可使用。运行命令在%JMETER_HOME%/bin下,对于 Windows 用户,直接使用jmeter.bat。

Jprofiler(http://www.ej-technologies.com/products/jprofiler/overview.html
JProfiler是一个全功能的Java剖析工具(profiler),专用于分析J2SE和J2EE应用程式。它把CPU、线程和内存的剖析组合在一个强大的应用中。JProfiler的GUI可以更方便地找到性能瓶颈、抓住内存泄漏(memory leaks),并解决多线程的问题。例如分析哪个对象占用的内存比较多;哪个方法占用较大的CPU资源等;我们通常使用Jprofiler来监控Spark应用在local模式下运行时的性能瓶颈和内存泄漏情况。
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1.1.3 调优要点

1.1.3.1 内存调整要点

Memory Tuning,Java对象会占用原始数据2~5倍甚至更多的空间。最好的检测对象内存消耗的办法就是创建RDD,然后放到cache里面去,然后在UI上面看storage的变化。使用-XX:+UseCompressedOops选项可以压缩指针(8字节变成4字节)。在调用collect等API的时候也要小心—大块数据往内存拷贝的时候心里要清楚。内存要留一些给操作系统,比如20%,这里面也包括了OS的buffercache,如果预留得太少了,会见到这样的错误:
“Required executor memory (235520+23552 MB) is above the max threshold (241664MB) of this cluster! Please increase the value of ‘yarn.scheduler.maximum-allocation-mb’.
上述的这个问题,一般在CDH集群搭建的时候会出现,另外在Hive on Spark + Spark On Yarn中,如果在执行任务时内存不足,也会出现
或者干脆就没有这样的错误,但是依然有因为内存不足导致的问题,有的会有警告,比如这个:
“WARN scheduler.TaskSchedulerImpl: Initial job has not accepted any resources; check your cluster UI to ensure that workers are registered and have sufficient memory
有的时候连这样的日志都见不到,而是见到一些不清楚原因的executor丢失信息:
“Exception in thread “main” org.apache.spark.SparkException: Job aborted due to stage failure: Task 12 in stage 17.0 failed 4 times, most recent failure: Lost task 12.3 in stage 17.0 (TID 1257, ip-10-184-192-56.ec2.internal): ExecutorLostFailure (executor 79 lost)
Reduce Task的内存使用。在某些情况下reduce task特别消耗内存,比如当shuffle出现的时候,比如sortByKey、groupByKey、reduceByKey和join等,要在内存里面建立一个巨大的hash table。其中一个解决办法是增大level of parallelism,这样每个task的输入规模就相应减小。另外,注意shuffle的内存上限设置,有时候有足够的内存,但是shuffle内存不够的话,性能也是上不去的。我们在有大量数据join等操作的时候,shuffle的内存上限经常配置到executor的50%。
注意原始input的大小,有很多操作始终都是需要某类全集数据在内存里面完成的,那么并非拼命增加parallelism和partition的值就可以把内存占用减得非常小的。我们遇到过某些性能低下甚至OOM的问题,是改变这两个参数所难以缓解的。但是可以通过增加每台机器的内存,或者增加机器的数量都可以直接或间接增加内存总量来解决。
另外,有一些RDD的API,比如cache,persist,都会把数据强制放到内存里面,如果并不明确这样做带来的好处,就不要用它们。多次调用的RDD可以使用该算子,且数据量不大
内存优化有三个方面的考虑:对象所占用的内存,访问对象的消耗以及垃圾回收所占用的开销。
1. 对象所占内存,优化数据结构
Spark 默认使用Java序列化对象,虽然Java对象的访问速度更快,但其占用的空间通常比其内部的属性数据大2-5倍。为了减少内存的使用,减少Java序列化后的额外开销,下面列举一些Spark官网提供的方法。【建议使用Kryo序列化】

Spark优化篇 - 图3
(1)使用对象数组以及原始类型(primitive type)数组以替代Java或者Scala集合类(collection class)。fastutil 库为原始数据类型提供了非常方便的集合类,且兼容Java标准类库。
(2)尽可能地避免采用含有指针的嵌套数据结构来保存小对象。
(3)考虑采用数字ID或者枚举类型以便替代String类型的主键。【和字符编码+占位大小有关?】
(4)如果内存少于32GB,设置JVM参数-XX:+UseCom-pressedOops以便将8字节指针修改成4字节。与此同时,在Java 7或者更高版本,设置JVM参数-XX:+UseC——-ompressedStrings以便采用8比特来编码每一个ASCII字符。
2. 内存回收
(1)获取内存统计信息:优化内存前需要了解集群的内存回收频率、内存回收耗费时间等信息,可以在spark-env.sh中设置SPARK_JAVA_OPTS=“-verbose:gc -XX:+PrintGCDetails -XX:+PrintGCTimeStamps $ SPARK_JAVA_OPTS”来获取每一次内存回收的信息。
(2)优化缓存大小:默认情况Spark采用运行内存(spark.executor.memory)的60%来进行RDD缓存。这表明在任务执行期间,有40%的内存可以用来进行对象创建。如果任务运行速度变慢且JVM频繁进行内存回收,或者内存空间不足,那么降低缓存大小设置可以减少内存消耗,可以降低spark.storage.memoryFraction的大小。
3. 频繁GC或者OOM
针对这种情况,首先要确定现象是发生在Driver端还是在Executor端,然后在分别处理。
Driver端:通常由于计算过大的结果集被回收到Driver端导致,需要调大Driver端的内存解决,或者进一步减少结果集的数量。比如.collect算子
Executor端:
(1)以外部数据作为输入的Stage:这类Stage中出现GC通常是因为在Map侧进行map-side-combine时,由于group过多引起的。解决方法可以增加partition的数量(即task的数量)来减少每个task要处理的数据,来减少GC的可能性。
(2)以shuffle作为输入的Stage:这类Stage中出现GC的通常原因也是和shuffle有关,常见原因是某一个或多个group的数据过多,也就是所谓的数据倾斜,最简单的办法就是增加shuffle的task数量,比如在SparkSQL中设置SET spark.sql.shuffle.partitions=400,如果调大shuffle的task无法解决问题,说明你的数据倾斜很严重,某一个group的数据远远大于其他的group,需要你在业务逻辑上进行调整,预先针对较大的group做单独处理。

1.1.3.2 集群并行度调整要点

在Spark集群环境下,只有足够高的并行度才能使系统资源得到充分的利用,可以通过修改spark-env.sh来调整Executor的数量和使用资源,Standalone和YARN方式资源的调度管理是不同的。
在Standalone模式下:
1. 每个节点使用的最大内存数:SPARKWORKER_INSTANCESSPARK_WORKER_MEMORY;
2. 每个节点的最大并发task数:SPARK_WORKER_INSTANCES
SPARK_WORKER_CORES。
在YARN模式下:
1. 集群task并行度:SPARK
EXECUTOR_INSTANCES SPARK_EXECUTOR_CORES;
2. 集群内存总量:
(executor个数)
(SPARK_EXECUTOR_MEMORY+ spark.yarn.executor.memoryOverhead)+(SPARK_DRIVER_MEMORY+spark.yarn.driver.memoryOverhead)

重点强调:Spark对Executor和Driver额外添加堆内存大小,
Executor端:由spark.yarn.executor.memoryOverhead设置,默认值executorMemory 0.07与384的最大值。
Driver端:由spark.yarn.driver.memoryOverhead设置,默认值driverMemory
0.07与384的最大值。

通过调整上述参数,可以提高集群并行度,让系统同时执行的任务更多,那么对于相同的任务,并行度高了,可以减少轮询次数。举例说明:如果一个stage有100task,并行度为50,那么执行完这次任务,需要轮询两次才能完成,如果并行度为100,那么一次就可以了。

但是在资源相同的情况,并行度高了,相应的Executor内存就会减少,所以需要根据实际实况协调内存和core。此外,Spark能够非常有效的支持短时间任务(例如:200ms),因为会对所有的任务复用JVM,这样能减小任务启动的消耗,Standalone模式下,core可以允许1-2倍于物理core的数量进行超配。
Level of Parallelism。指定它以后,在进行reduce类型操作的时候,默认partition的数量就被指定了。这个参数在实际工程中通常是必不可少的,一般都要根据input和每个executor内存的大小来确定。设置level of parallelism或者属性spark.default.parallelism来改变并行级别,通常来说,每一个CPU核可以分配2~3个task。
CPU core的访问模式是共享还是独占。即CPU核是被同一host上的executor共享还是瓜分并独占。比如,一台机器上共有32个CPU core的资源,同时部署了两个executor,总内存是50G,那么一种方式是配置spark.executor.cores为16,spark.executor.memory为20G,这样由于内存的限制,这台机器上会部署两个executor,每个都使用20G内存,并且各使用“独占”的16个CPU core资源;而在内存资源不变的前提下,也可以让这两个executor“共享”这32个core。根据测试,独占模式的性能要略好与共享模式。
GC调优。打印GC信息:-verbose:gc -XX:+PrintGCDetails -XX:+PrintGCTimeStamps。要记得默认60%的executor内存可以被用来作为RDD的缓存,因此只有40%的内存可以被用来作为对象创建的空间,
[这块要注意,60%的值与40%的值可能随便版本而变化]
这一点可以通过设置spark.storage.memoryFraction改变。如果有很多小对象创建,但是这些对象在不完全GC的过程中就可以回收,那么增大Eden区会有一定帮助。如果有任务从HDFS拷贝数据,内存消耗有一个简单的估算公式——比如HDFS的block size是64MB,工作区内有4个task拷贝数据,而解压缩一个block要增大3倍大小,那么估算内存消耗就是:4364MB。另外,还有一种情况:GC默认情况下有一个限制,默认是GC时间不能超过2%的CPU时间,但是如果大量对象创建(在Spark里很容易出现,代码模式就是一个RDD转下一个RDD),就会导致大量的GC时间,从而出现“OutOfMemoryError: GC overhead limit exceeded”,对于这个,可以通过设置-XX:-UseGCOverheadLimit关掉它。

1.1.3.3 序列化和传输

Data Serialization,默认使用的是Java Serialization,这个程序员最熟悉,但是性能、空间表现都比较差。还有一个选项是Kryo Serialization,更快,压缩率也更高,但是并非支持任意类的序列化。在Spark UI上能够看到序列化占用总时间开销的比例,如果这个比例高的话可以考虑优化内存使用和序列化。
Broadcasting Large Variables。在task使用静态大对象的时候,可以把它broadcast出去。Spark会打印序列化后的大小,通常来说如果它超过20KB就值得这么做。有一种常见情形是,一个大表join一个小表,把小表broadcast后,大表的数据就不需要在各个node之间疯跑,安安静静地呆在本地等小表broadcast过来就好了。
Data Locality。数据和代码要放到一起才能处理,通常代码总比数据要小一些,因此把代码送到各处会更快。Data Locality是数据和处理的代码在屋里空间上接近的程度:PROCESS_LOCAL(同一个JVM)、NODE_LOCAL(同一个node,比如数据在HDFS上,但是和代码在同一个node)、NO_PREF、RACK_LOCAL(不在同一个server,但在同一个机架)、ANY。当然优先级从高到低,但是如果在空闲的executor上面没有未处理数据了,那么就有两个选择:
(1)要么等如今繁忙的CPU闲下来处理尽可能“本地”的数据,
(2)要么就不等直接启动task去处理相对远程的数据。
默认当这种情况发生Spark会等一会儿(spark.locality),即策略(1),如果繁忙的CPU停不下来,就会执行策略(2)。
代码里对大对象的引用。在task里面引用大对象的时候要小心,因为它会随着task序列化到每个节点上去,引发性能问题。只要序列化的过程不抛出异常,引用对象序列化的问题事实上很少被人重视。如果,这个大对象确实是需要的,那么就不如干脆把它变成RDD好了。绝大多数时候,对于大对象的序列化行为,是不知不觉发生的,或者说是预期之外的,比如在我们的项目中有这样一段代码:

  1. rdd.map(r => {
  2. println(BackfillTypeIndex)
  3. })

其实呢,它等价于这样:

  1. rdd.map(r => {
  2. println(this.BackfillTypeIndex)
  3. })

不要小看了这个this,有时候它的序列化是非常大的开销。
对于这样的问题,一种最直接的解决方法就是:

  1. val dereferencedVariable = this.BackfillTypeIndex
  2. rdd.map(r => println(dereferencedVariable)) // "this" is not serialized

相关地,注解@transient用来标识某变量不要被序列化,这对于将大对象从序列化的陷阱中排除掉是很有用的。另外,注意class之间的继承层级关系,有时候一个小的case class可能来自一棵大树。

1.1.3.4 文件读写

文件存储和读取的优化。比如对于一些case而言,如果只需要某几列,使用rcfile和parquet这样的格式会大大减少文件读取成本。再有就是存储文件到S3上或者HDFS上,可以根据情况选择更合适的格式,比如压缩率更高的格式。另外,特别是对于shuffle特别多的情况,考虑留下一定量的额外内存给操作系统作为操作系统的buffer cache,比如总共50G的内存,JVM最多分配到40G多一点。
文件分片。比如在S3上面就支持文件以分片形式存放,后缀是partXX。使用coalesce方法来设置分成多少片,这个调整成并行级别或者其整数倍可以提高读写性能。但是太高太低都不好,太低了没法充分利用S3并行读写的能力,太高了则是小文件太多,预处理、合并、连接建立等等都是时间开销啊,读写还容易超过throttle。

1.1.3.5 任务调整要点

Spark的Speculation。通过设置spark.speculation等几个相关选项,可以让Spark在发现某些task执行特别慢的时候,可以在不等待完成的情况下被重新执行,最后相同的task只要有一个执行完了,那么最快执行完的那个结果就会被采纳。
减少Shuffle。其实Spark的计算往往很快,但是大量开销都花在网络和IO上面,而shuffle就是一个典型。举个例子,如果(k, v1) join (k, v2) => (k, v3),那么,这种情况其实Spark是优化得非常好的,因为需要join的都在一个node的一个partition里面,join很快完成,结果也是在同一个node(这一系列操作可以被放在同一个stage里面)。但是如果数据结构被设计为(obj1) join (obj2) => (obj3),而其中的join条件为obj1.column1 == obj2.column1,这个时候往往就被迫shuffle了,因为不再有同一个key使得数据在同一个node上的强保证。在一定要shuffle的情况下,尽可能减少shuffle前的数据规模,比如这个避免groupByKey的例子。下面这个比较的图片来自Spark Summit 2013的一个演讲,讲的是同一件事情:
尽量使用ReduceByKey , 它有预聚合功能

Repartition。运算过程中数据量时大时小,选择合适的partition数量关系重大,如果太多partition就导致有很多小任务和空任务产生;如果太少则导致运算资源没法充分利用,必要时候可以使用repartition来调整,不过它也不是没有代价的,其中一个最主要代价就是shuffle。再有一个常见问题是数据大小差异太大,这种情况主要是数据的partition的key其实取值并不均匀造成的(默认使用HashPartitioner),需要改进这一点,比如重写hash算法。测试的时候想知道partition的数量可以调用rdd.partitions().size()获知。

Task时间分布。关注Spark UI,在Stage的详情页面上,可以看得到shuffle写的总开销,GC时间,当前方法栈,还有task的时间花费。如果你发现task的时间花费分布太散,就是说有的花费时间很长,有的很短,这就说明计算分布不均,需要重新审视数据分片、key的hash、task内部的计算逻辑等等,瓶颈出现在耗时长的task上面。
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重用资源。有的资源申请开销巨大,而且往往相当有限,比如建立连接,可以考虑在partition建立的时候就创建好(比如使用mapPartition方法),这样对于每个partition内的每个元素的操作,就只要重用这个连接就好了,不需要重新建立连接。
同时Spark的任务数量是由stage中的起始的所有RDD的partition之和数量决定,所以需要了解每个RDD的partition的计算方法。以Spark应用从HDFS读取数据为例,HadoopRDD的partition切分方法完全继承于MapReduce中的FileInputFormat,具体的partition数量由HDFS的块大小、mapred.min.split.size的大小、文件的压缩方式等多个因素决定,详情需要参见FileInputFormat的代码。

1.1.3.6 开启推测机制

推测机制后,如果集群中,某一台机器的几个task特别慢,推测机制会将任务分配到其他机器执行,最后Spark会选取最快的作为最终结果。
在spark-default.conf 中添加:spark.speculation true
推测机制与以下几个参数有关:
1. spark.speculation.interval 100:检测周期,单位毫秒;
2. spark.speculation.quantile 0.75:完成task的百分比时启动推测;
3. spark.speculation.multiplier 1.5:比其他的慢多少倍时启动推测。

1.2 数据倾斜优化

1.2.1 为何要处理数据倾斜(Data Skew)

什么是数据倾斜
对Spark/Hadoop这样的大数据系统来讲,数据量大并不可怕,可怕的是数据倾斜。
何谓数据倾斜?数据倾斜指的是,并行处理的数据集中,某一部分(如Spark或Kafka的一个Partition)的数据显著多于其它部分,从而使得该部分的处理速度成为整个数据集处理的瓶颈。
如果数据倾斜没有解决,完全没有可能进行性能调优,其他所有的调优手段都是一个笑话。数据倾斜是最能体现一个spark大数据工程师水平的性能调优问题。
数据倾斜如果能够解决的话,代表对spark运行机制了如指掌。
数据倾斜俩大直接致命后果。
1 数据倾斜直接会导致一种情况:Out Of Memory。
2 运行速度慢,特别慢,非常慢,极端的慢,不可接受的慢。
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我们以100亿条数据为列子。
个别Task(80亿条数据的那个Task)处理过度大量数据。导致拖慢了整个Job的执行时间。这可能导致该Task所在的机器OOM,或者运行速度非常慢。
数据倾斜是如何造成的
在Shuffle阶段。同样Key的数据条数太多了。导致了某个key(上图中的80亿条)所在的Task数据量太大了。远远超过其他Task所处理的数据量。
而这样的场景太常见了。二八定律可以证实这种场景。
搞定数据倾斜需要:
1 搞定shuffle
2 搞定业务场景
3 搞定 cpu core的使用情况
4 搞定OOM的根本原因等。
所以搞定了数据倾斜需要对至少以上的原理了如指掌。所以搞定数据倾斜是关键中的关键。
一个经验结论是:一般情况下,OOM的原因都是数据倾斜。某个task任务数据量太大,GC的压力就很大。这比不了Kafka,因为kafka的内存是不经过JVM的。是基于Linux内核的Page.
数据倾斜的原理很简单:在进行shuffle的时候,必须将各个节点上相同的key拉取到某个节点上的一个task来进行处理,比如按照key进行聚合或join等操作。此时如果某个key对应的数据量特别大的话,就会发生数据倾斜。比如大部分key对应10条数据,但是个别key却对应了100万条数据,那么大部分task可能就只会分配到10条数据,然后1秒钟就运行完了;但是个别task可能分配到了100万数据,要运行一两个小时。因此,整个Spark作业的运行进度是由运行时间最长的那个task决定的。
因此出现数据倾斜的时候,Spark作业看起来会运行得非常缓慢,甚至可能因为某个task处理的数据量过大导致内存溢出。
下图就是一个很清晰的例子:hello这个key,在三个节点上对应了总共7条数据,这些数据都会被拉取到同一个task中进行处理;而world和you这两个key分别才对应1条数据,所以另外两个task只要分别处理1条数据即可。此时第一个task的运行时间可能是另外两个task的7倍,而整个stage的运行速度也由运行最慢的那个task所决定。
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由于同一个Stage内的所有Task执行相同的计算,在排除不同计算节点计算能力差异的前提下,不同Task之间耗时的差异主要由该Task所处理的数据量决定。

1.2.2 如何定位导致数据倾斜的代码

数据倾斜只会发生在shuffle过程中。这里给大家罗列一些常用的并且可能会触发shuffle操作的算子:distinct、groupByKey、reduceByKey、aggregateByKey、join、cogroup、repartition等。出现数据倾斜时,可能就是你的代码中使用了这些算子中的某一个所导致的。
_某个task执行特别慢的情况_
首先要看的,就是数据倾斜发生在第几个stage中。
可以通过Spark Web UI来查看当前运行到了第几个stage,看一下当前这个stage各个task分配的数据量,从而进一步确定是不是task分配的数据不均匀导致了数据倾斜。
比如下图中,倒数第三列显示了每个task的运行时间。明显可以看到,有的task运行特别快,只需要几秒钟就可以运行完;而有的task运行特别慢,需要几分钟才能运行完,此时单从运行时间上看就已经能够确定发生数据倾斜了。此外,倒数第一列显示了每个task处理的数据量,明显可以看到,运行时间特别短的task只需要处理几百KB的数据即可,而运行时间特别长的task需要处理几千KB的数据,处理的数据量差了10倍。此时更加能够确定是发生了数据倾斜。
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知道数据倾斜发生在哪一个stage之后,接着我们就需要根据stage划分原理,推算出来发生倾斜的那个stage对应代码中的哪一部分,这部分代码中肯定会有一个shuffle类算子。精准推算stage与代码的对应关系,这里介绍一个相对简单实用的推算方法:只要看到Spark代码中出现了一个shuffle类算子或者是Spark SQL的SQL语句中出现了会导致shuffle的语句(比如group by语句),那么就可以判定,以那个地方为界限划分出了前后两个stage。
这里我们就以Spark最基础的入门程序——单词计数来举例,如何用最简单的方法大致推算出一个stage对应的代码。如下示例,在整个代码中,只有一个reduceByKey是会发生shuffle的算子,因此就可以认为,以这个算子为界限,会划分出前后两个stage。
stage0,主要是执行从textFile到map操作,以及执行shuffle write操作。shuffle write操作,我们可以简单理解为对pairs RDD中的数据进行分区操作,每个task处理的数据中,相同的key会写入同一个磁盘文件内。
stage1,主要是执行从reduceByKey到collect操作,stage1的各个task一开始运行,就会首先执行shuffle read操作。执行shuffle read操作的task,会从stage0的各个task所在节点拉取属于自己处理的那些key,然后对同一个key进行全局性的聚合或join等操作,在这里就是对key的value值进行累加。stage1在执行完reduceByKey算子之后,就计算出了最终的wordCounts RDD,然后会执行collect算子,将所有数据拉取到Driver上,供我们遍历和打印输出。

val conf = new SparkConf()
val sc = new SparkContext(conf)
val lines = sc.textFile(“hdfs://…”)
val words = lines.flatMap(.split(“ “))
val pairs = words.map((
, 1))
val wordCounts = pairs.reduceByKey( + )
wordCounts.collect().foreach(println(_))


通过对单词计数程序的分析,希望能够让大家了解最基本的stage划分的原理,以及stage划分后shuffle操作是如何在两个stage的边界处执行的。然后我们就知道如何快速定位出发生数据倾斜的stage对应代码的哪一个部分了。比如我们在Spark Web UI或者本地log中发现,stage1的某几个task执行得特别慢,判定stage1出现了数据倾斜,那么就可以回到代码中定位出stage1主要包括了reduceByKey这个shuffle类算子,此时基本就可以确定是由reduceByKey算子导致的数据倾斜问题。比如某个单词出现了100万次,其他单词才出现10次,那么stage1的某个task就要处理100万数据,整个stage的速度就会被这个task拖慢。
_某个task莫名其妙内存溢出的情况_
这种情况下去定位出问题的代码就比较容易了。我们建议直接看yarn-client模式下本地log的异常栈,或者是通过YARN查看yarn-cluster模式下的log中的异常栈。一般来说,通过异常栈信息就可以定位到你的代码中哪一行发生了内存溢出。然后在那行代码附近找找,一般也会有shuffle类算子,此时很可能就是这个算子导致了数据倾斜。
但是大家要注意的是,不能单纯靠偶然的内存溢出就判定发生了数据倾斜。因为自己编写的代码的bug,以及偶然出现的数据异常,也可能会导致内存溢出。因此还是要按照上面所讲的方法,通过Spark Web UI查看报错的那个stage的各个task的运行时间以及分配的数据量,才能确定是否是由于数据倾斜才导致了这次内存溢出。
_查看导致数据倾斜的key的数据分布情况_
知道了数据倾斜发生在哪里之后,通常需要分析一下那个执行了shuffle操作并且导致了数据倾斜的RDD/Hive表,查看一下其中key的分布情况。这主要是为之后选择哪一种技术方案提供依据。针对不同的key分布与不同的shuffle算子组合起来的各种情况,可能需要选择不同的技术方案来解决。
此时根据你执行操作的情况不同,可以有很多种查看key分布的方式:
如果是Spark SQL中的group by、join语句导致的数据倾斜,那么就查询一下SQL中使用的表的key分布情况。
如果是对Spark RDD执行shuffle算子导致的数据倾斜,那么可以在Spark作业中加入查看key分布的代码,比如RDD.countByKey()。然后对统计出来的各个key出现的次数,collect/take到客户端打印一下,就可以看到key的分布情况。
举例来说,对于上面所说的单词计数程序,如果确定了是stage1的reduceByKey算子导致了数据倾斜,那么就应该看看进行reduceByKey操作的RDD中的key分布情况,在这个例子中指的就是pairs RDD。如下示例,我们可以先对pairs采样10%的样本数据,然后使用countByKey算子统计出每个key出现的次数,最后在客户端遍历和打印样本数据中各个key的出现次数。

val sampledPairs = pairs.sample(false, 0.1)
val sampledWordCounts = sampledPairs.countByKey()
sampledWordCounts.foreach(println(_))

1.2.3 如何缓解/消除数据倾斜

1.2.3.1 尽量避免数据源的数据倾斜

_比如数据源是Kafka___
以Spark Stream通过DirectStream方式读取Kafka数据为例。由于Kafka的每一个Partition对应Spark的一个Task(Partition),所以Kafka内相关Topic的各Partition之间数据是否平衡,直接决定Spark处理该数据时是否会产生数据倾斜。
Kafka某一Topic内消息在不同Partition之间的分布,主要由Producer端所使用的Partition实现类决定。如果使用随机Partitioner,则每条消息会随机发送到一个Partition中,从而从概率上来讲,各Partition间的数据会达到平衡。此时源Stage(直接读取Kafka数据的Stage)不会产生数据倾斜。
但很多时候,业务场景可能会要求将具备同一特征的数据顺序消费,此时就需要将具有相同特征的数据放于同一个Partition中。一个典型的场景是,需要将同一个用户相关的PV信息置于同一个Partition中。此时,如果产生了数据倾斜,则需要通过其它方式处理。
_比如数据源是Hive___
导致数据倾斜的是Hive表。如果该Hive表中的数据本身很不均匀(比如某个key对应了100万数据,其他key才对应了10条数据),而且业务场景需要频繁使用Spark对Hive表执行某个分析操作,那么比较适合使用这种技术方案。
方案实现思路:此时可以评估一下,是否可以通过Hive来进行数据预处理(即通过Hive ETL预先对数据按照key进行聚合,或者是预先和其他表进行join),然后在Spark作业中针对的数据源就不是原来的Hive表了,而是预处理后的Hive表。此时由于数据已经预先进行过聚合或join操作了,那么在Spark作业中也就不需要使用原先的shuffle类算子执行这类操作了。
方案实现原理:这种方案从根源上解决了数据倾斜,因为彻底避免了在Spark中执行shuffle类算子,那么肯定就不会有数据倾斜的问题了。但是这里也要提醒一下大家,这种方式属于治标不治本。因为毕竟数据本身就存在分布不均匀的问题,所以Hive ETL中进行group by或者join等shuffle操作时,还是会出现数据倾斜,导致Hive ETL的速度很慢。我们只是把数据倾斜的发生提前到了Hive ETL中,避免Spark程序发生数据倾斜而已。
方案优点:实现起来简单便捷,效果还非常好,完全规避掉了数据倾斜,Spark作业的性能会大幅度提升。
方案缺点:治标不治本,Hive ETL中还是会发生数据倾斜。
方案实践经验:在一些Java系统与Spark结合使用的项目中,会出现Java代码频繁调用Spark作业的场景,而且对Spark作业的执行性能要求很高,就比较适合使用这种方案。将数据倾斜提前到上游的Hive ETL,每天仅执行一次,只有那一次是比较慢的,而之后每次Java调用Spark作业时,执行速度都会很快,能够提供更好的用户体验。
项目实践经验:在美团·点评的交互式用户行为分析系统中使用了这种方案,该系统主要是允许用户通过Java Web系统提交数据分析统计任务,后端通过Java提交Spark作业进行数据分析统计。要求Spark作业速度必须要快,尽量在10分钟以内,否则速度太慢,用户体验会很差。所以我们将有些Spark作业的shuffle操作提前到了Hive ETL中,从而让Spark直接使用预处理的Hive中间表,尽可能地减少Spark的shuffle操作,大幅度提升了性能,将部分作业的性能提升了6倍以上。

1.2.3.2 调整并行度分散同一个Task的不同Key

方案适用场景:如果我们必须要对数据倾斜迎难而上,那么建议优先使用这种方案,因为这是处理数据倾斜最简单的一种方案。
方案实现思路:在对RDD执行shuffle算子时,给shuffle算子传入一个参数,比如reduceByKey(1000),该参数就设置了这个shuffle算子执行时shuffle read task的数量。对于Spark SQL中的shuffle类语句,比如group by、join等,需要设置一个参数,即spark.sql.shuffle.partitions,该参数代表了shuffle read task的并行度,该值默认是200,对于很多场景来说都有点过小。
方案实现原理:增加shuffle read task的数量,可以让原本分配给一个task的多个key分配给多个task,从而让每个task处理比原来更少的数据。举例来说,如果原本有5个key,每个key对应10条数据,这5个key都是分配给一个task的,那么这个task就要处理50条数据。而增加了shuffle read task以后,每个task就分配到一个key,即每个task就处理10条数据,那么自然每个task的执行时间都会变短了。具体原理如下图所示。
方案优点:实现起来比较简单,可以有效缓解和减轻数据倾斜的影响。
方案缺点:只是缓解了数据倾斜而已,没有彻底根除问题,根据实践经验来看,其效果有限。
方案实践经验:该方案通常无法彻底解决数据倾斜,因为如果出现一些极端情况,比如某个key对应的数据量有100万,那么无论你的task数量增加到多少,这个对应着100万数据的key肯定还是会分配到一个task中去处理,因此注定还是会发生数据倾斜的。所以这种方案只能说是在发现数据倾斜时尝试使用的第一种手段,尝试去用最简单的方法缓解数据倾斜而已,或者是和其他方案结合起来使用。

原理
Spark在做Shuffle时,默认使用HashPartitioner(非Hash Shuffle)对数据进行分区。如果并行度设置的不合适,可能造成大量不相同的Key对应的数据被分配到了同一个Task上,造成该Task所处理的数据远大于其它Task,从而造成数据倾斜。
如果调整Shuffle时的并行度,使得原本被分配到同一Task的不同Key发配到不同Task上处理,则可降低原Task所需处理的数据量,从而缓解数据倾斜问题造成的短板效应。
image.png
案例
现有一张测试数据集,内有100万条数据,每条数据有一个唯一的id值。现通过一些处理,使得id为90万之下的所有数据对12取模后余数为8(即在Shuffle并行度为12时该数据集全部被HashPartition分配到第8个Task),其它数据集id不变,从而使得id大于90万的数据在Shuffle时可被均匀分配到所有Task中,而id小于90万的数据全部分配到同一个Task中。处理过程如下

  1. scala> val sourceRdd = sc.textFile("hdfs://master01:9000/source_index")
  2. sourceRdd: org.apache.spark.rdd.RDD[String] = hdfs://master01:9000/source_index MapPartitionsRDD[1] at textFile at <console>:24
  3. scala> case class brower(id:Int, time:Long, uid:String, keyword:String, url_rank:Int, click_num:Int, click_url:String) extends Serializable
  4. defined class brower
  5. scala> val ds = sourceRdd.map(_.split("\t"))
  6. .map(attr => brower(attr(0).toInt,
  7. attr(1).toLong,
  8. attr(2),
  9. attr(3),
  10. attr(4).toInt,
  11. attr(5).toInt,
  12. attr(6))).toDS
  13. ds: org.apache.spark.sql.Dataset[brower] = [id: int, time: bigint ... 5 more fields]
  14. scala> ds.createOrReplaceTempView("sourceTable")
  15. scala> val newSource = spark.sql("SELECT CASE WHEN id < 900000 THEN (8 + (CAST (RAND() * 50000 AS bigint)) * 12 ) ELSE id END, time, uid, keyword, url_rank, click_num, click_url FROM sourceTable")
  16. newSource: org.apache.spark.sql.DataFrame = [CASE WHEN (id < 900000) THEN (CAST(8 AS BIGINT) + (CAST((rand(-5486683549522524104) * CAST(50000 AS DOUBLE)) AS BIGINT) * CAST(12 AS BIGINT))) ELSE CAST(id AS BIGINT) END: bigint, time: bigint ... 5 more fields]
  17. scala> newSource.rdd.map(_.mkString("\t")).saveAsTextFile("hdfs://master01:9000/test_data")

通过上述处理,一份可能造成后续数据倾斜的测试数据即以准备好。接下来,使用Spark读取该测试数据,并通过groupByKey(12)对id分组处理,且Shuffle并行度为12。代码如下

  1. scala> val sourceRdd = sc.textFile("hdfs://master01:9000/test_data/p*")
  2. sourceRdd: org.apache.spark.rdd.RDD[String] = hdfs://master01:9000/test_data/p* MapPartitionsRDD[1] at textFile at <console>:24
  3. scala> val kvRdd = sourceRdd.map(x =>{ val parm=x.split("\t");
  4. (parm(0).trim().toInt,parm(1).trim()) })
  5. kvRdd: org.apache.spark.rdd.RDD[(Int, String)] = MapPartitionsRDD[2] at map at <console>:26
  6. scala> kvRdd.groupByKey(12).count
  7. res0: Long = 150000

本次实验所使用集群节点数为3,每个节点可被Yarn使用的CPU核数为3,内存为2GB。在Spark-shell中进行提交
GroupBy Stage的Task状态如下图所示,Task 8处理的记录数为90万,远大于(9倍于)其它11个Task处理的10万记录。而Task 8所耗费的时间为1秒,远高于其它11个Task的平均时间。整个Stage的时间也为1秒,该时间主要由最慢的Task 8决定。数据之间处理的比例最大为105倍。
image.png
在这种情况下,可以通过调整Shuffle并行度,使得原来被分配到同一个Task(即该例中的Task 8)的不同Key分配到不同Task,从而降低Task 8所需处理的数据量,缓解数据倾斜。
通过groupByKey(17)将Shuffle并行度调整为17,重新提交到Spark。新的Job的GroupBy Stage所有Task状态如下图所示。

  1. scala> val sourceRdd = sc.textFile("hdfs://master01:9000/test_data/p*")
  2. sourceRdd: org.apache.spark.rdd.RDD[String] = hdfs://master01:9000/test_data/p* MapPartitionsRDD[1] at textFile at <console>:24
  3. scala> val kvRdd = sourceRdd.map(x =>{ val parm=x.split("\t");
  4. (parm(0).trim().toInt,parm(1).trim()) })
  5. kvRdd: org.apache.spark.rdd.RDD[(Int, String)] = MapPartitionsRDD[2] at map at <console>:26
  6. scala> kvRdd.groupByKey(17).count
  7. res0: Long = 150000

image.png
从上图可知,相比以上次一计算,目前每一个计算的数据都比较平均,数据之间的最大比例基本为1:1,总体时间降到了0.8秒。
在这种场景下,调整并行度,并不意味着一定要增加并行度,也可能是减小并行度。如果通过groupByKey(7)将Shuffle并行度调整为7,重新提交到Spark。新Job的GroupBy Stage的所有Task状态如下图所示。
image.png
从上图可见,处理记录数都比较平均。
总结
适用场景
大量不同的Key被分配到了相同的Task造成该Task数据量过大。
解决方案
调整并行度。一般是增大并行度,但有时如本例减小并行度也可达到效果。
优势
实现简单,可在需要Shuffle的操作算子上直接设置并行度或者使用spark.default.parallelism设置。如果是Spark SQL,还可通过SET spark.sql.shuffle.partitions=[num_tasks]设置并行度。可用最小的代价解决问题。一般如果出现数据倾斜,都可以通过这种方法先试验几次,如果问题未解决,再尝试其它方法。
劣势
适用场景少,只能将分配到同一Task的不同Key分散开,但对于同一Key倾斜严重的情况该方法并不适用。并且该方法一般只能缓解数据倾斜,没有彻底消除问题。从实践经验来看,其效果一般。

1.2.3.3 自定义Partitioner

原理
使用自定义的Partitioner(默认为HashPartitioner),将原本被分配到同一个Task的不同Key分配到不同Task。
案例
以上述数据集为例,继续将并发度设置为12,但是在groupByKey算子上,使用自定义的Partitioner(实现如下)

  1. class CustomerPartitioner(numParts:Int) extends org.apache.spark.Partitioner {
  2. //覆盖分区数
  3. override def numPartitions: Int = numParts
  4. //覆盖分区号获取函数
  5. override def getPartition(key: Any): Int = {
  6. val id: Int = key.toString.toInt
  7. if (id <= 900000)
  8. return new java.util.Random().nextInt(100) % 12
  9. else
  10. return id % 12
  11. }
  12. }

执行如下代码:

  1. scala> :paste
  2. // Entering paste mode (ctrl-D to finish)
  3. class CustomerPartitioner(numParts:Int) extends org.apache.spark.Partitioner {
  4. //覆盖分区数
  5. override def numPartitions: Int = numParts
  6. //覆盖分区号获取函数
  7. override def getPartition(key: Any): Int = {
  8. val id: Int = key.toString.toInt
  9. if (id <= 900000)
  10. return new java.util.Random().nextInt(100) % 12
  11. else
  12. return id % 12
  13. }
  14. }
  15. // Exiting paste mode, now interpreting.
  16. defined class CustomerPartitioner
  17. scala> val sourceRdd = sc.textFile("hdfs://master01:9000/test_data/p*")
  18. sourceRdd: org.apache.spark.rdd.RDD[String] = hdfs://master01:9000/test_data/p* MapPartitionsRDD[1] at textFile at <console>:24
  19. scala> val kvRdd = sourceRdd.map(x =>{ val parm=x.split("\t");
  20. (parm(0).trim().toInt,parm(1).trim()) })
  21. kvRdd: org.apache.spark.rdd.RDD[(Int, String)] = MapPartitionsRDD[2] at map at <console>:26
  22. scala> kvRdd.groupByKey(new CustomerPartitioner(12)).count
  23. res0: Long = 565312
  24. scala> :quit

由下图可见,使用自定义Partition后,各Task所处理的数据集大小相当。
image.png
总结
适用场景
大量不同的Key被分配到了相同的Task造成该Task数据量过大。
解决方案
使用自定义的Partitioner实现类代替默认的HashPartitioner,尽量将所有不同的Key均匀分配到不同的Task中。
优势
不影响原有的并行度设计。如果改变并行度,后续Stage的并行度也会默认改变,可能会影响后续Stage。
劣势
适用场景有限,只能将不同Key分散开,对于同一Key对应数据集非常大的场景不适用。效果与调整并行度类似,只能缓解数据倾斜而不能完全消除数据倾斜。而且需要根据数据特点自定义专用的Partitioner,不够灵活。