单细胞组学学习笔记

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单细胞免疫组库(scVDJ-seq)数据分析

浏览 226 扫码 分享 2022-07-13 21:45:25
  • 使用immunarch包进行单细胞免疫组库数据分析(十):Kmer and sequence motif analysis and visualisation
  • 使用immunarch包进行单细胞免疫组库数据分析(九):Annotate clonotypes using immune receptor databases
  • 使用immunarch包进行单细胞免疫组库数据分析(八):Track clonotypes across samples and time
  • 使用immunarch包进行单细胞免疫组库数据分析(七):Diversity estimation
  • 使用immunarch包进行单细胞免疫组库数据分析(六):Gene usage analysis
  • 使用immunarch包进行单细胞免疫组库数据分析(五):Repertoire overlap and public clonotypes
  • 使用immunarch包进行单细胞免疫组库数据分析(四):Basic analysis and clonality
  • 使用immunarch包进行单细胞免疫组库数据分析(三):处理单细胞配对链数据
  • 使用immunarch包进行单细胞免疫组库数据分析(二):数据加载
  • 使用immunarch包进行单细胞免疫组库数据分析(一):包的简介与安装
  • 使用scRepertoire包进行单细胞免疫组库数据分析

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  • NBIS系列单细胞转录组数据分析实战
    • NBIS系列单细胞转录组数据分析实战汇总
    • 八:拟时序细胞轨迹推断
    • 七:空间转录组分析
    • 六:细胞类型注释
    • 五:基因差异表达分析
    • 四:细胞聚类分析
    • 三:多样本数据整合
    • 二:数据降维可视化
    • 一:数据质控
  • 单细胞转录组(scRNA-seq)数据分析
    • 使用Seurat包进行scRNA-seq数据分析
      • 使用Shiny搭建基于Seurat包的单细胞数据可视化平台
      • Seurat包学习笔记(十):New data visualization methods in v3.0
      • Seurat包学习笔记(九):Differential expression testing
      • Seurat包学习笔记(八):Cell-Cycle Scoring and Regression
      • Seurat包学习笔记(七):Stimulated vs Control PBMCs
      • Seurat包学习笔记(六):scATAC-seq scRNA-seq integration
      • Seurat包学习笔记(五):Using Seurat with multi-modal data
      • Seurat包学习笔记(四):Using sctransform in Seurat
      • Seurat包学习笔记(三):Analysis of spatial datasets
      • Seurat包学习笔记(二):Integration and Label Transfer
      • Seurat包学习笔记(一):Guided Clustering Tutorial
    • 使用Scater包进行scRNA-seq数据分析
      • 使用scater包进行单细胞测序分析(三):数据降维与可视化
      • 使用scater包进行单细胞测序分析(二):数据质量控制
      • 使用scater包进行单细胞测序分析(一):数据导入与SingleCellExperiment对象构建
    • 使用Monocle包进行scRNA-seq数据分析
      • Monocle2包学习笔记(四):Differential Expression Analysis
      • Monocle2包学习笔记(三):Constructing Single Cell Trajectories
      • Monocle2包学习笔记(二):Classifying and Counting Cells
      • Monocle2包学习笔记(一):Getting Started with Monocle
  • 单细胞表观组(scATAC-seq)数据分析
    • scATAC-seq建库原理,质控方法和新R包Signac的使用
    • 使用cellranger-atac进行scATAC-seq数据分析
      • 使用cellranger-atac软件处理10x单细胞ATAC-seq测序数据(下)
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      • 使用Signac包进行单细胞ATAC-seq数据分析(三):scATAC-seq data integration
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      • 使用Cicero包进行单细胞ATAC-seq分析(三):Single-cell accessibility trajectories
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